jcvi 0.8.12

内容

以下模块可用作通用生物信息学处理 方法。

• algorithms

• 具有scip和glpk的线性规划求解器。

• SuperMap：在Blast或Nucmer中找到一组不重叠的锚 输出。

• 最长或最重的增加子序列。

• 矩阵运算。

• apps

• genbank entrez access、phytozome、ensembl和sra下载程序。

• 计算基因对之间的（非）同义替代率。

• 使用phylip、phyml或raxml构建基本的系统发生树， 以及视觉化。

• blast+、lastz、last、bwa、bowtie2、clc、cdhit、cap3等的包装纸。

• formats

  当前支持.ace格式（phrap、cap3等），.agp （goldenpath），.bed格式，.blast输出，.btab格式， .coords格式（nucmer输出），.fasta格式，.fastq 格式，.fpc格式，.gff格式，obo格式（本体论）， .psl格式（ucsc blat、gmap等），.posmap格式（celera 汇编器输出），.sam格式（读取映射），.contig格式 （TIGR装配格式）等

• graphics

• 爆炸或共点图。

• 直方图使用r和ascii艺术。

• 在染色体组上绘制区域。

• 宏观和微观联合图。

• utils

• grouper可以用作不相交集数据结构。

• 范围包含常见的范围操作，如重叠和链接。

• 连接到JCVI内部数据库的Sybase连接器。

• 杂项食谱，迭代器，装饰器，表 公用事业。

然后是包含特定于域的方法的模块。

• assembly
• k-mer直方图分析。
• 为基于克隆的程序集准备和验证平铺路径。
• 通过竹子搭建，光学地图和遗传地图。
• 装配前和装配后的质量控制程序。
• annotation
• 从头开始基因预测因子的训练。
• 计算基因，外显子和内含子统计。
• 用于PASA和EVM的包装。
• 启动多个制造商流程。
• compara
• 基于c分数的爆破滤波器。
• 联合扫描（从头开始）和提升（找到附近的锚）。
利用Salkof和PAR方法进行祖先基因组重建。
• 正畸和串联基因重复发现。

应用程序

请访问wiki获取 全面的应用程序。同时访问我们的 Gallery看我们的 用于生成出版物就绪图形的图形功能。

依赖关系

下面是使用的第三方python包的列表 图书馆里的一些程序。这些依赖项是not必需的 因为它们只被少数模块使用。

• Biopython
• numpy
• matplotlib

在各种脚本中到处都有其他python模块。这个 最好的方法是在看到时通过pip install安装它们 ImportError。

安装

最简单的方法是通过pypi安装：

pip install jcvi

要安装开发版本：

pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

或者，如果要手动安装：

cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
exportPYTHONPATH=~/code:$PYTHONPATH

请将上面的~/code替换为您喜欢的任何内容，但它必须 包含jcvi。为了避免每次都设置PYTHONPATH，请 在.bashrc或.bash_profile中插入export命令。

另外，一些模块可能会要求外部pro的位置克， 如果在PATH中找不到扩展的。外部程序 常用的是：

• Kent tools
• BEDTOOLS
• EMBOSS

此包中的大多数脚本包含多个操作。使用 fasta示例：

Usage:
    python -m jcvi.formats.fasta ACTION


Available ACTIONs:
          clean | Remove irregular chars in FASTA seqs
           diff | Check if two fasta records contain same information
        extract | Given fasta file and seq id, retrieve the sequence in fasta format
          fastq | Combine fasta and qual to create fastq file
         filter | Filter the records by size
         format | Trim accession id to the first space or switch id based on 2-column mapping file
        fromtab | Convert 2-column sequence file to FASTA format
           gaps | Print out a list of gap sizes within sequences
      identical | Given 2 fasta files, find all exactly identical records
            ids | Generate a list of headers
           info | Run `sequence_info` on fasta files
          ispcr | Reformat paired primers into isPcr query format
           join | Concatenate a list of seqs and add gaps in between
     longestorf | Find longest orf for CDS fasta
           pair | Sort paired reads to .pairs, rest to .fragments
    pairinplace | Starting from fragment.fasta, find if adjacent records can form pairs
           pool | Pool a bunch of fastafiles together and add prefix
           qual | Generate dummy .qual file based on FASTA file
         random | Randomly take some records
         sequin | Generate a gapped fasta file for sequin submission
           some | Include or exclude a list of records (also performs on .qual file if available)
           sort | Sort the records by IDs, sizes, etc.
        summary | Report the real no of bases and N's in fasta files
           tidy | Normalize gap sizes and remove small components in fasta
      translate | Translate CDS to proteins
           trim | Given a cross_match screened fasta, trim the sequence
      trimsplit | Split sequences at lower-cased letters
           uniq | Remove records that are the same

然后您需要使用一个操作，您只需执行以下操作：

python -m jcvi.formats.fasta extract

这将告诉您它期望的选项和参数。

请随意查看包中的其他脚本，这不仅仅是 对于FASTA。

参考

唐海宝等。（2015年）。jcvi:jcvi实用程序库。泽诺多。 10.5281/zenodo.31631。