Python blast_专题 - Python中文网

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关于blast 相关联的Python项目和问题：

Crontab不能运行python脚本

当我从命令行执行python脚本时，我没有这样的问题： [rv@med240-183 db]$ python formatdb.py [rv@med240-183 db]$ 当我尝试每午夜 ...

2024-06-26 已阅读: n次

Python：索引以制表符分隔的文件

我有一个以制表符分隔的文本文件，看起来像： 1_0 NP_045689 100.00 279 0 0 18 296 18 ...

2024-06-26 已阅读: n次

BioPython：从Blast输出fi中提取序列id

我有一个XML格式的BLAST输出文件。它是22个查询序列，每个序列报告50次点击。我想提取所有的50x22点击。这是我目前拥有的代码，但它只从第一个查询中提取50个匹配项。 from Bio.Bla ...

2024-06-26 已阅读: n次

Python:没有csv.close（）？

我正在使用CSV模块读取一个制表符分隔的文件。代码如下： z = csv.reader(open('/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/output.blast'), del ...

2024-06-26 已阅读: n次

比较2个数据帧与Pandas

这是我第一次使用熊猫，我真的不知道如何处理我的问题。你知道吗事实上，我有两个数据帧： import pandas blast=pandas.read_table("blast") cluster ...

2024-06-26 已阅读: n次

我是python新手，我在研究假新闻检测算法，我在从url中提取站点名称时遇到问题

text = 'https://www.nytimes.com/2017/10/09/us/politics/corkers-blast-at-trump-has-other-republica ...

2024-06-26 已阅读: n次

在不创建新属性的情况下减少值的简单方法？

我在做一个程序，你发射一个“爆炸机”，我有5枚弹药。我要炸死一个有5个生命的外星人。最后，我实例化播放器，让他爆炸6次，以检查程序是否正常工作。但我做的方式使它的数额不会减少。有一个简单的解决办法，还 ...

2024-06-26 已阅读: n次

用python处理大数据的最佳方法

我正在使用库NCBIXML读取一个50GB的XML文件（来自blastall调用） blasthandle = open( blastfile, 'r' ) blast_records = NCB ...

2024-06-26 已阅读: n次

Python正则表达式Findall Lookahead

我已经创建了一个函数，它可以搜索蛋白质字符串中的开放阅读框。这里是： def orf_finder(seq,format): record = SeqIO.read(seq,format) # ...

2024-06-26 已阅读: n次

使用Biopython在NCBI上运行一个BLAT搜索

我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果执行多序列对齐。在如何使用Python运行这些BLAT查询？在我知道有一种方法可以使用BLAST，但我不确定BLAT。在 ...

2024-06-26 已阅读: n次

生物。爆炸（NCBIWWW）在多个序列上失败并暂停

我试图通过BLAST解析几十个序列，使用生物。爆炸在Python2.7中使用NCBIWWW。一个或几个序列没有问题，但是NCBIWWW.qblast（）总是在大约5-7次迭代的BLAST搜索之后停止。 ...

2024-06-26 已阅读: n次

将for循环的输出保存到fi

我打开了一个包含blast结果的文件，并以fasta格式将点击结果打印到屏幕上。代码如下所示： result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blas ...

2024-06-26 已阅读: n次

django-blastplus

django blastplus 一个简单的django应用程序，使用blast+进行基于web的同源性搜索。要求爆炸+ Python3 Django 2.0 生物圈安装 pipenv in ...

2024-06-26 已阅读: n次

seqdetect

seqdetect是一个命令行程序，它给出了问题的答案：我有DNA序列但是里面有什么？这个软件获取一个DNA序列，并在 genbank格式。它通过对序列进行爆破并提取特征信息来实现从genba ...

2024-06-26 已阅读: n次

pyblast

手动运行NCBI爆炸当然不是火箭科学，但是与此相比，模块提供了几个好处：为系统上的每个CPU自动运行一个BLAST进程；比-num_threads选项获得更好的吞吐量提供一个迭代器api，它 ...

2024-06-26 已阅读: n次

bcbio-phyloblast

用于基因系统发育评估的分布式blast 此包Python名称：bcbio-phyloblast 目前版本： bcbio-phyloblast 0.1 ...

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Cell-BLAST

单元格爆炸 cell blast是一个用于单细胞转录组学数据的细胞查询工具。对于每个查询单元格，它在引用数据库中搜索最相似的单元格。然后可以将引用单元格中的批注（例如单元格类型）传输到查询中基于 ...

2024-06-26 已阅读: n次

Mapp

此包用于简化 MAPP program。先决条件您必须安装： python 2.7版 MAPP program。可选择下载fasta database （或者可以远程使用hmmer或blas ...

2024-06-26 已阅读: n次

scry-blast

用运行ncbi的blast程序的过程扩展sparql的scry服务此包Python名称：scry-blast 目前版本： scry-blast 0 ...

2024-06-26 已阅读: n次

bbcu.fastqcReports

python版本此项目当前正在使用Python2.7 安装建议使用virtualenv创建干净的python环境。要安装FastQC报告，请使用pip： pip install bbcu ...

2024-06-26 已阅读: n次

etcp

etcpy是一个易于使用的接口，它指向etcd daemon，表示 “类似字典”的etcd接口，同时还允许访问etcd的更多高级功能 etcpy的目标是尽可能简单易用，并提供两级api。这个 “低级 ...

2024-06-26 已阅读: n次

pyblastbio

构建/覆盖状态 Branch Build Coverage master development Pyblast 这是其他应用程序在seqrecord对象和json ...

2024-06-26 已阅读: n次

parallelblast

通过分割输入并将作业提交到一个混乱的集群来并行blast搜索。 BLAST作业通过输入截断在一个并行化的slurm队列上运行。而不是像mpiblast那样需要在节点间传递消息的数据库切碎（何时以及是否 ...

2024-06-26 已阅读: n次

blast-score-ratio

获得用于比较基因组学和从fasta文件中识别水平转移的遗传物质包含不同生物体的蛋白质序列。 bsr（rasko等人，2006）是通过使用参考蛋白质组运行blast获得的针对一个或多个其他蛋白质 ...

2024-06-26 已阅读: n次

praline-aln

praline 重新实施praline多序列比对程序。功能渐进式多序列比对通过分层聚类和动态生成树（praline样式）剖面轮廓成对对齐支持仿射和线性间隙惩罚；支持任意间隙惩罚，速度降低 ...

2024-06-26 已阅读: n次

blast

概述 blast是一个简单的基于web的多平台音乐/mp3播放器，使用python、html/css和javascript编写。安装安装blast的最简单方法是使用python setupt ...

2024-06-26 已阅读: n次

blastbesties

#blast besties从blast输出文件中快速发现对等的最佳blast对。e值为<；0.001.`` bashblastp-qcov-qcov-qcov-hsp-hup-perc-per ...

2024-06-26 已阅读: n次

farm_blast

在计算场上并行运行blast的包此包Python名称：farm_blast 目前版本： farm_blast 0.1.2 最后维护 ...

2024-06-26 已阅读: n次

PyRNA

这是PyRNA README.rst ...

2024-06-26 已阅读: n次

BlastRadius

#爆炸半径[！[PYPI版本]（https://badge.fury.io/py/blastradius.svg）]（https://badge.fury.io/py/blastradius）！[Ci ...

2024-06-26 已阅读: n次

giraffe

###序列特征检测和映射这个存储库由两个工具组成：长颈鹿和河马。长颈鹿包括一组可视化序列和序列特征的javascripts，以及一个从序列中检测特征、限制站点和orf的django应用程序。您可以独立 ...

2024-06-26 已阅读: n次

PyZerg

一个包装器，用python/pyrex编写，用于非常快速的zerg blast文件解析器。 ...

2024-06-26 已阅读: n次