从blast输出文件中快速发现对等的最佳blast对。
blastbesties的Python项目详细描述
#blast besties
从blast输出文件中快速发现对等的最佳blast对。
e值为<;0.001.
`` bash
blastp-qcov-qcov-qcov-hsp-hup-perc-perc 95-查询a_prot.fa-主题b_prot.fa-out avb.tab-评估值0.001-排水口6-使用w w w w w w u tback
blastp-qcov-qcov-hsp-pup-perc 95-查询b_prot.fa-主题a_prot.fa-out bva.tab-evalup-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-hsp-perc-perc 95-排水口6-使用w/>
报告每次命中满足标准E值的倒数最佳匹配对
<;=0.001,命中长度>;=100,比特分数>;=100。
`` bash
./blastbesties.py-e 0.001-l 100-s 100-a*blastavb.tab*-b*blastbva.tab
````
输入要求
seta与setb,和setb对seta。
-blast输出格式6(表格格式)
-点击数必须按查询名称排序,然后降序匹配质量-这是默认的blast行为。
OBD/R>
选项:
BR/>信息> BR/> -H,帮助显示此帮助消息并退出。
-V,版本显示程序的版本号和退出。
BR/>输入
-A,-BLASTAVB BARTAL结果文件FASTAB查询FASTAB
主题。
-B,-对于一个主题的查询结果文件,--outfile向该文件写入倒数blast对。
-d,--outdir目录,用于写入新的序列文件。
````
从blast输出文件中快速发现对等的最佳blast对。
e值为<;0.001.
`` bash
blastp-qcov-qcov-qcov-hsp-hup-perc-perc 95-查询a_prot.fa-主题b_prot.fa-out avb.tab-评估值0.001-排水口6-使用w w w w w w u tback
blastp-qcov-qcov-hsp-pup-perc 95-查询b_prot.fa-主题a_prot.fa-out bva.tab-evalup-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-qcov-hsp-perc-perc 95-排水口6-使用w/>
报告每次命中满足标准E值的倒数最佳匹配对
<;=0.001,命中长度>;=100,比特分数>;=100。
`` bash
./blastbesties.py-e 0.001-l 100-s 100-a*blastavb.tab*-b*blastbva.tab
````
输入要求
seta与setb,和setb对seta。
-blast输出格式6(表格格式)
-点击数必须按查询名称排序,然后降序匹配质量-这是默认的blast行为。
OBD/R>
选项:
BR/>信息> BR/> -H,帮助显示此帮助消息并退出。
-V,版本显示程序的版本号和退出。
BR/>输入
-A,-BLASTAVB BARTAL结果文件FASTAB查询FASTAB
主题。
-B,-对于一个主题的查询结果文件,--outfile向该文件写入倒数blast对。
-d,--outdir目录,用于写入新的序列文件。
````