使用Biopython在NCBI上运行一个BLAT搜索

Question

我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果执行多序列对齐。在

如何使用Python运行这些BLAT查询？在

我知道有一种方法可以使用BLAST，但我不确定BLAT。在

Answer 1

• 如果你想在线使用BLAT，没有Bio.Blast.NCBIWWW这样的工具。在
• 如果您想在本地使用BLAT，那么没有Bio.Blast.NCBIStandalone这样的工具

好消息是您可以在本地安装BLAT并使用subprocess库来调用BLAT，Biopython提供Bio.SearchIO.BlatIO来解析输出。或者，您可以尝试将您的查询提交到BLAT的网站，并获得在本地解析它的输出。在

但是如果您是python新手，我认为第一个选择是简单的路径。在