Python：索引以制表符分隔的文件

Question

我有一个以制表符分隔的文本文件，看起来像：

1_0 NP_045689 100.00 279 0 0 18 296 18 296 3e-156 539

1_0 NP_045688 54.83 259 108 6 45 296 17 273 2e-61 224

我需要解析出特定的列，比如列2。

我试过下面的代码：

z = open('output.blast', 'r')
for line in z.readlines():
    for col in line:
        print col[1]
z.close()

但我得到一个索引超出范围的错误。

Answer 1

签出the ^{} module。如果你打算用标签分隔的文件做更多的事情，这也会对你有很大帮助。一件好事是，您可以为不同的列指定名称。

Answer 2

z = open('output.blast', 'r')
for line in z.readlines():
    cols = line.split('\t'):
        print cols[1]
z.close()

首先需要split()制表符上的行。

或者，可以在制表符模式下使用Python的^{}模块。

Answer 3

import csv,StringIO
text="""1_0 NP_045689   100.00  279 0   0   18  296 18  296 3e-156  539
1_0 NP_045688   54.83   259 108 6   45  296 17  273 2e-61   224"""

f = csv.reader(StringIO.StringIO(text), delimiter='\t')
for row in f:
    print row[1]

有两件事值得注意：

reader方法的delimiter参数告诉csv模块如何分割文本行。检查reader函数的其他参数以扩展功能（即：quotechar）

我使用StringIO将文本示例包装为文件对象，如果使用文件引用，则不需要这样做。

例如：

f=csv.reader(open('./test.csv'),delimiter='\t')