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关于信息学相关联的Python项目和问题：

Python进程路径-从学徒到大师

我学习、工作和玩Python已经一年半了。作为一名生物学家慢慢转向生物信息学，这种语言一直是我在实验室所做的所有主要贡献的核心，我或多或少地爱上了Python允许我表达漂亮解决方案的方式，也爱上了这 ...

2024-05-04 已阅读: n次

在Python中展平范围对（heapy/bisect？）

在生物信息学中，我们进行了大量的以下转换： >>> data = { (90,100):1, (91,101):1, (92,102):2, (93, ...

2024-05-04 已阅读: n次

C++和Python同时进行。是doab吗

我对编程是全新的，就好像我在过去10年里是一名分子生物学家一样。有人能告诉我：如果我同时注册C++和Python，这会不会太难处理？我也是一名全职员工。两门课程的开始和结束日期相同，为期3个月。由于种 ...

2024-05-04 已阅读: n次

BLAST数据库分配

我在stackexchange的生物信息学版本上问过这个问题，但既然我认为这是一个计算机问题，我想我应该在这里试试运气。在在一个大数据库（所有人类蛋白质）上运行local BLAST（v2.2.24 ...

2024-05-04 已阅读: n次

使用subprocess.Popen的Python内存分配错误

我在做一些生物信息学的工作。我有一个python脚本，它曾经调用一个程序来完成一个昂贵的过程（序列对齐..使用大量的计算能力和内存）。我用subprocess.Popen调用它。当我在一个测试用例上运 ...

2024-05-04 已阅读: n次

使用向量化pandas函数向行添加多个项，而不是iterrows？

我有一个相当大的生物信息学数据集，我正在用熊猫进行处理。看起来像这样： >>> df = pd.DataFrame([['a=1|b=4', 'a=2|b=3', 'a=1|b=1' ...

2024-05-04 已阅读: n次

拉普拉斯平滑到生物光子晶体

我正在尝试为我的生物信息学项目添加对Biopython的朴素Bayes代码1的拉普拉斯平滑支持。在我读过很多关于naivebayes算法和Laplacian平滑的文档，我想我已经有了基本的想法，但是 ...

2024-05-04 已阅读: n次

什么是最适合Biopython的云计算平台？

我目前正在（作为一个高级项目）构建和实现一个生物信息学web应用程序来操作大数据，以及一些复杂的工作我用的是生物圈什么样的云计算平台是最好的？为什么？在提前谢谢 ...

2024-05-04 已阅读: n次

嵌套循环来查找Python中所有可能的组合

嗨，我有一个生物信息学的问题需要帮助。它相当长，但我会试着把它分解成更小的部分，任何帮助都很好。在我有一个由4个字母a，U，C，G组成的RNA长度序列，它被作为一个字符串导入Python，它可以折叠 ...

2024-05-04 已阅读: n次

为一大批子文件夹合并子文件夹中的文件

我正在分析生物信息学管道（qiime）中的一些数据。我正在尝试使用cat命令合并一个子文件夹中的两个文件-我需要对330个文件执行此操作，但命令字符串有问题我当前的字符串： cat AdapterR ...

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将molfile转换为fas

我在做生物信息学项目。在我想用python将MDL文件（molfile-.mol）转换成FASTA文件。在有人能告诉我怎么做吗？在 mol文件结构：http://en.wikipedia.org/ ...

2024-05-04 已阅读: n次

为什么print（\a）没有空闲工作

注意我稍微改变了q，这样它就不再是重复的了。对不起的。在我正在运行这些耗时的生物信息学脚本。我希望他们做完后按一声哔声。在我在OSX上在similar thread中，我发现print '\a' ...

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bio-pype

构建、组织和标准化的简单而纤细的python框架生物信息学分析。 The system is built around the python argparse module, to provide ...

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bioconvert

bioconvert是一个协作项目，旨在促进生命科学数据从一种格式相互转换。 contributions:Want to add a convertor ? Please jo ...

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dataframer

数据框尝试将任何文件加载到pandas数据帧中，以最少的配置，关注生物信息学示例通常，您将从磁盘读取文件（open('my-file.txt', 'rb')）。但是字节流在这里更简单。 ...

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biotools

伴奏巴特，丽贝卡，等。木薯白叶枯病菌株的高通量基因组测序确定了持久抗性的保守效应器。pnas加。目前依赖于clustalw和BLAST。您可以从github或通过git获取最新的代码 git克隆 ...

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bioFuzz

#生物模糊 ##概述生物信息学发展的模糊测试。一个想法，我一直试图激励自己做了一段时间了。与其说是一个实际的项目，不如说是一个现阶段的沉思。 ##安装应该简单到 pip install bio ...

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cobratools

眼镜蛇工具眼镜蛇实验室用于生物信息学的各种工具。开始这些说明将为您在本地计算机上启动和运行项目的副本，以便进行开发和测试。先决条件需要Python3.6或更高版本。所有其他要求都包含在req ...

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GelReportModels

GelReportModels 这个项目包含了英国基因组学系统使用的几个模型。这是一个开发指南，模型文档可以在https://gelreportmodels.genomicsengland.co.uk ...

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maticbase

#基础数学工具这是一个用于basematic应用程序的工具…[python打包用户指南][包装指南][包装和分发指南] 项目][分发教程]。本项目不打算涵盖python项目的最佳实践整体发展。 ...

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Orange3-SingleCell

[orange3]（http://orange.biolab.si）的单单元格加载项添加了分析单单元格数据的功能。安装要安装附加组件，请运行 pip install . 用橙色注册此加载项，但 ...

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biocode

概述：这是一个生物信息学脚本的集合，许多人发现了有用的代码模块，这些模块使编写新脚本的速度大大加快。多年来，大多数生物信息学人都收集了一些小的实用脚本，这些脚本使他们的生活更容易。它们常常被保存在私有 ...

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cdpybio

cdpybio python模块，具有针对特定工具定制的各种子模块，我跨项目执行的分析等。下面的文档是只是一个介绍，大多数函数都用docstring记录。 ...

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bein

微型lims与生物信息学工作流管理器此包Python名称：bein 目前版本： bein 1.06 最后维护时间：Apr 7, 2 ...

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pypipegraph

pypipegraph Build status: Documentation https://pypipegraph.readthedocs.io/en/latest/ Code ...

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bioscons

扩展了用于生物信息学中可重复研究的scons构建工具。此包Python名称：bioscons 目前版本： bioscons 0.9.0 ...

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microbio

极简生物信息学框架对于我的大多数用例来说，biopython或scikit bio等广泛的框架完全是过度的。这些框架将所有内容都作为一个对象（例如序列）处理，这在某些情况下肯定是有帮助的，但通常将序 ...

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tilde

tilde是一个智能数据管理器和python框架，用于计算材料科学。颚化符创建系统化模拟日志中的数据存储库 VASP，CRYSTAL 以及Quantum ESPRESSO包裹。其他数据格式可以 ...

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BioUtil

这是用于bioinfomatics文件访问的脚本和模块的集合模块、类和函数 xzfile，xzopen（）访问各种压缩文件，当前重新组织gzip（.gz）， samtools包中的bz2（.b ...

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ndb_adapter

适配器，用于直接从python（3.*）轻松访问ndb资源。用法适配器提供4种类型的搜索：摘要、高级、DNA和RNA。小结要获取结构摘要，请键入： >>> fr ...

2024-05-04 已阅读: n次

scikit-chem

[！[特拉维斯]（https://img.shields.io/travis/richlewis42/scikit-chem.svg?style=flat-square)](https://travi ...

2024-05-04 已阅读: n次

cathp

导管 cathpy是一个用python编写的生物信息学工具包。它是由 Orengo Group位于UCL，用于维护CATH protein structure database（以及相关的研究）。 ...

2024-05-04 已阅读: n次

Python 信息学

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