将molfile转换为fas

2024-05-18 08:34:41 发布

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我在做生物信息学项目。在

我想用python将MDL文件（molfile-.mol）转换成FASTA文件。在

有人能告诉我怎么做吗？在

mol文件结构：http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile
fasta文件结构：http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format


Tags： 文件项目orghttpwiki生物wikipedia结构
1条回答
网友
1楼 · 发布于 2024-05-18 08:34:41

RDKit提供一个函数^{}，该函数为输入分子输出FASTA序列。应该是这样的：

from rdkit.Chem.rdmolfiles import MolFromMolFile, MolToFASTA

mol = MolFromMolFile("yourFile.mol")
fa = MolToFASTA(mol)
# write the fa string to file

不幸的是，我找不到一个蛋白质的example.mol文件来进行测试。在

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