生物信息学格式转换

bioconvert的Python项目详细描述


bioconvert是一个协作项目,旨在促进生命科学数据从一种格式相互转换。

https://badge.fury.io/py/bioconvert.svghttps://secure.travis-ci.org/bioconvert/bioconvert.pnghttps://coveralls.io/repos/github/bioconvert/bioconvert/badge.svg?branch=masterDocumentation Statushttps://img.shields.io/github/issues/bioconvert/bioconvert.svghttps://www.singularity-hub.org/static/img/hosted-singularity--hub-%23e32929.svghttps://anaconda.org/bioconda/bioconvert/badges/platforms.svghttps://anaconda.org/bioconda/bioconvert/badges/installer/conda.svg
contributions:Want to add a convertor ? Please join https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues/1
issues:Please use https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues

安装

为了安装bioconvert,您可以使用pip

pip install bioconvert

我们还提供关于Bioconda(http://bioconda.github.io/)的版本:

conda install bioconvert

奇点容器可用。见 http://bioconvert.readthedocs.io/en/master/user_guide.html#installation用于 细节。

用法

bioconvert fastq2fasta input.fastq output.fasta
bioconvert gz2dsrc input.fq.gz output.dsrc2
bioconvert bam2bed input.bam output.bed
bioconvert --help

可用转换器

https://raw.githubusercontent.com/bioconvert/bioconvert/master/doc/conversion.png

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