从头开始数据仓库的材料信息学框架
tilde的Python项目详细描述
tilde是一个智能数据管理器和python框架,用于 计算材料科学。颚化符创建系统化 模拟日志中的数据存储库 VASP,CRYSTAL 以及Quantum ESPRESSO包裹。 其他数据格式可以相对容易地添加。包含 可以扫描日志文件并将结果添加到存储库中。一个 简单用例在this blog post中描述。 基于web的存储库gui是separately available。
安装
系统包build-essentialpython-devpython-numpylibffi-dev 必须存在(-dev或-devel)。请,set up Python virtualenv在瓷砖里面 文件夹(和要访问的--system-site-packages选项 python-numpy):
virtualenv --system-site-packages tilde
然后激活virtualenv:
. bin/activate
在使用代码库时,应始终使用virtualenv。跑步 pip install -r requirements.txt来安装python依赖项。 最后,确保框架准备就绪:
./utils/tilde.sh -x
此外,this blog post还介绍了安装过程。
用法
./utils/tilde.sh --help
例如,递归扫描文件夹(-r),使用简洁的打印 (-t),显示有关计算元数据的信息(-i)和 收敛(-v)并将结果添加到数据库(-a):
./utils/tilde.sh /home/user/work1 /home/work2 -r -t -v -a -i
其他示例:对于钙钛矿结构(与Tilder一起装运), 提取mo6八面体的畸变wrt立方相(在euler中 角度)。这里,-m开关调用钙钛矿倾斜模块 (请参见apps文件夹):
./utils/tilde.sh tilde/tests/apps/perovskite_tilting/outputs -m perovskite_tilting
测试
sh tests/run_tests.sh
许可
类似项目
其他已知的类似计划如下:
- Accelerys(Biovia)Pipeline Pilot and Materials工作室, http://accelrys.com/products
- aflow框架和aflowlib存储库,http://www.aflowlib.org
- AIIDA:用于从头设计的自动化基础设施和数据库, 博世有限责任公司(python),http://aiida.net
- 自动拓扑生成器(ATB),http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb
- 蓝色方尖碑数据存储库(xslt,xml), http://bodr.sourceforge.net
- 卡塔普,http://www.slac.stanford.edu/~strabo/catapp
- cclib(python),http://cclib.sf.net
- 计算晶体学工具箱, http://cctbx.sourceforge.net
- cepdb:哈佛清洁能源项目和分布式志愿者 计算,http://cepdb.molecularspace.org
- CMR(python),https://wiki.fysik.dtu.dk/cmr
- 计算化学比较和基准数据库, http://cccbdb.nist.gov
- 晶体学开放数据库(包括理论数据库
- Delta项目:比较固态DFT代码, http://molmod.ugent.be/deltacodesdft
- 电子结构工程,http://gurka.fysik.uu.se/ESP
- estest(python,xquery),http://estest.ucdavis.edu
- exabyte.io,材料发现云,http://exabyte.io
- j-ice(基于jmol,java),http://j-ice.sourceforge.net
- iochem bd(java),http://www.iochem-bd.org
- 材料项目(python),http://www.materialsproject.org
- Matnavi和Atomwork材料数据库,材料信息 车站,筑波,http://mits.nims.go.jp/matnavi/
- medea计算环境,http://www.materialsdesign.com/medea
- MSE:材料科学与工程试验装置, http://mse.fhi-berlin.mpg.de
- nomad:新材料发现,http://nomad-repository.eu
- nrel matdb,http://materials.nrel.gov
- 开放材料数据库和高通量工具包(python), http://openmaterialsdb.se
- oqmd和qmpy(python),http://oqmd.org
- 京都大学的声子数据库, http://phonondb.mtl.kyoto-u.ac.jp
- 保林文件,世界最大的无机化合物数据库, http://paulingfile.com
- PYCMW(python),马克斯普朗克钢铁研究所的框架 研究有限公司
- qmferge(python),http://qmforge.sourceforge.net
- 吉诃德,http://quixote.wikispot.org
- webmo:基于web的计算化学界面包(Java, perl),http://webmo.net
- Wurm:矿物物理性质计算数据库, http://wurm.info