BLAST数据库分配

Question

我在stackexchange的生物信息学版本上问过这个问题，但既然我认为这是一个计算机问题，我想我应该在这里试试运气。在

在一个大数据库（所有人类蛋白质）上运行local BLAST（v2.2.24+）时，我得到以下错误：

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

谷歌搜索时，我只找到了seqdbatlas:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp的源代码，我在其中发现：

^{pr2}$ 我的C++知识有限，但我从中得到的是，内存不足，无法在数据库的大小上运行BAST。这是正确的吗？如果是这样的话，有没有一种方法可以在没有更大内存的情况下运行这个BLAST？如果不正确，我得到的错误是什么？在

先谢谢你，妮克

Answer 1

通过将查询文件分成两部分并使用blast 2.2.25而不是2.2.24修复了这个问题