为一大批子文件夹合并子文件夹中的文件

Question

我正在分析生物信息学管道（qiime）中的一些数据。我正在尝试使用cat命令合并一个子文件夹中的两个文件-我需要对330个文件执行此操作，但命令字符串有问题

我当前的字符串：

cat AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/*.fastq/mergedfile.fastq

这是我正在使用的代码-与*一起指示命令应在所有.fastq文件夹中查找文件output\u paired和output\u paired.collapsed，然后将这些文件合并到一个mergedfile.fastq中，并将其放在原始文件所在的同一文件夹中

例如：

AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/C1.fastq/mergedfile.fastq

这样，在AdapterRemoval/C1子文件夹中找到的这两个文件将被合并，合并的文件将放在同一个子文件夹中

事实上，当我像这样使用带有特定文件夹ID的单个文件路径键入它时，它就工作了。但是，当我将*放在子文件夹的位置时，我得到一个错误，即没有AdapterRemoval/*.fastq/mergedfile.fastq这样的目录或文件

有人知道我可能做错了什么吗？任何帮助都将不胜感激

谢谢你

莎拉