如何从核苷酸生成IUPAC代码?

2024-06-19 19:25:19 发布

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我想找到相当于2个不同核苷酸的IUPAC。你知道吗

例:我有A和C,我要M。 或者:我有R和T,我想要D

有没有一种方法可以在Biopython中做到这一点?(听起来很简单,但我只找到了使用对齐的方法,这在我的情况下并不合适。)

谢谢!你知道吗


Tags: 方法情况biopython核苷酸iupac
1条回答
网友
1楼 · 发布于 2024-06-19 19:25:19

我想你在Bio.Data.IUPACData里找字典,比如:

>>> from Bio.Data import IUPACData
>>> d = {v:k for k,v in IUPACData.ambiguous_dna_values.items()}
>>> d['AC']
'M'

注意,这里反转字典映射意味着我们丢失了一个键,因为'X''N'都映射到'GATC'。你知道吗

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