Biopython翻译脚本不起作用？

Question

我是Biopython的新手，我只想翻译一个DNA Fasta文件并将输出写入一个新文件。我以为这很容易，但我无法让脚本工作。
以下是我的尝试：

#!/usr/bin/env python
import sys
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC

in = open(sys.argv[1],'r')
out = open(sys.argv[2],'w')

messenger_rna = Seq(in, IUPAC.unambiguous_rna)
out = messenger_rna.translate()

out.close()
in.close()

有人知道我做错了什么吗？在

Answer 1

{我不知道这些文件是怎么回事。在

尤其是

out = open(sys.argv[2],'w')
out = messenger_rna.translate()
out.close()

在我看来是错的。在

将中间线替换为

^{pr2}$

如果这是一个字符串，.translate()返回什么。在

进一步优化版本：

#!/usr/bin/env python

import sys
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC

with open(sys.argv[1],'r') as infile: # for auto-closing
    messenger_rna = Seq(infile, IUPAC.unambiguous_rna)
    # if Seq() takes a string rather than a file, do infile.read() instead.

with open(sys.argv[2],'w') as outfile:
    outfile.write(messenger_rna.translate())