在windows上使用anaconda环境和cygwin

Question

试图通过Windows NT上的cygwin接口用anaconda设置环境，但失败了。

创建环境（conda create -n test_env）工作正常。但是activate test_env失败了。

我试着用：

export PATH=/cygdrive/c/users/nick/anaconda3/envs/test:$PATH

这修复了一些行为（which python指向正确的python）。但如果我随后执行“conda install”命令，它将安装到根anaconda目录中，而不是环境中。也许导出是bash会话的本地导出，而conda调用了不同版本的PATH？有什么方法可以使路径的修改成为全局的？

Answer 1

从conda 4.4开始，cygwin中支持activate&deactivate命令，语法如下（链接的文档还提供了向PATH添加conda的最佳实践，值得查看）：

conda activate <name-of-environment-to-activate>
conda deactivate

然而，有a bug阻止了这些操作的开箱即用，cygwin使用的bash脚本都有Windows行结尾（CRLF）。要解决这个问题，有两种选择：

1. 在.bash_profile或.bashrc中添加以下内容（如@patrickkelly's answer中的脚本所做的那样）：

   if [[ "${OSTYPE}" == 'cygwin' ]]; then
       set -o igncr
       export SHELLOPTS
   fi
   

2. 使用类似于^{}的工具将相关文件的行尾改为Unix样式（LF）。必须转换安装conda的目录中的以下文件，可能还有其他文件：

   • etc/profile.d/conda.sh
   • Scripts/activate
   • Scripts/deactivate

   
   更新：当conda更新自身时，至少在某些时候会覆盖上述文件，恢复CRLF行尾，因此在这些情况下必须重复将它们转换为LF的过程。

Answer 2

由于Cygwin模拟linux环境，我们需要使用“source activate test_env”而不是“activate test_env”。

Answer 3

经过一段时间的努力，我想我已经找到了一个合理可行的方法来将Anaconda的python（和相关的环境）集成到Cygwin中。假设Cygwin和Anaconda都独立工作，要从Cygwin访问所有的Anaconda工具，在.bash_profile中的以下设置似乎起到了作用。（我只包含了与集成相关的.bash_profile部分。。。希望我没有无意中错过什么。）

这个装置主要做三件事。首先，用户需要显式地将目录$CONDA_BASE_DIR设置为conda/anaconda/miniconda的基本环境的安装位置。其次，在.bash_profile中有一个功能，可以使用shell变量$CONDA_DEFAULT_ENV跟踪当前conda环境。最后，我们定义了一个别名cyg-conda和一个函数cyg-activate，作为标准conda和activate命令的替换命令。请注意变量名$CONDA_DEFAULT_ENV是特殊的，由实际的conda命令在内部使用。

使用此设置，我可以使用cyg-conda和cyg-activate的方式与通常在Anaconda命令提示符处使用conda和activate的方式相同，同时使环境对我的Cygwin bash shell可用。

当然可以接受改进建议等

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#  Anaconda Environment Selection - Plese set CONDA_BASE_DIR to the directory
#  containing the base installation of anaconda/miniconda.

export CONDA_BASE_DIR=/cygdrive/c/Users/Patrick/Miniconda3

#  Proxy Servers & Network Setup (if needed)

export HTTP_PROXY=
export HTTPS_PROXY=

#  IMPORTANT - Ignore carriage returns when using a Cygwin environment.

export SHELLOPTS
set -o igncr

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#  Manage conda environments for Python.  We check the environment variable
#  $CONDA_DEFAULT_ENV to see which environment is desired.  The default (root)
#  environment will be chosen if nothing is specified.  Note that this variable
#  will be explicitly managed by the cyg-activate ( ) function we have defined
#  below, specifically for the purpose of changing environments.  The root
#  environment is also handled slightly different from the others when it comes
#  to setting the CONDA_DEFAULT_ENV variable.

if [ ${CONDA_DEFAULT_ENV} ] && [ ${CONDA_DEFAULT_ENV} != 'root' ] 
then
    #  SELECT ONE OF THE NON-DEFAULT ENVIRONMENTS
    export CONDA_PREFIX=${CONDA_BASE_DIR}/envs/${CONDA_DEFAULT_ENV}
else
    #  SELECT THE DEFAULT ENVIRONMENT (and set CONDA_DEFAULT_ENV full path)
    export CONDA_DEFAULT_ENV=root
    export CONDA_PREFIX=${CONDA_BASE_DIR}
fi

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#  Define cyg-conda and cyg-activate to facilitate management of conda.

alias cyg-conda=${CONDA_BASE_DIR}/Scripts/conda.exe

cyg-activate() {
    export CONDA_DEFAULT_ENV=$1
    source ~/.bash_profile
    cyg-conda info --envs
}

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#  PATH - ALl of the anaconda/miniconda path entries appear first.

PATH=
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/mingw-w64/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/usr/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Scripts
PATH=$PATH:$HOME/scripts
PATH=$PATH:$HOME/local/bin
PATH=$PATH:/usr/local/bin
PATH=$PATH:/usr/bin

export PATH

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