“module”对象不可调用生物.IUPAC

Question

当我尝试的时候

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)

为什么会遇到以下错误：

^{pr2}$

附言：这是BioPython食谱中的一个例子

Answer 1

本给了一个很好的明确的答案来解释这个问题。我猜你把例子抄错了

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)
>>> my_prot
Seq('AGTACACTGGT', IUPACProtein())
>>> my_prot.alphabet
IUPACProtein()

至少，它现在是这么说的http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

注意，如果Biopython使用seq（小写）作为模块，seq（title case）作为类-这是Python的推荐实践，请参见http://www.python.org/dev/peps/pep-0008/

Answer 2

在BioPython源代码中，“Seq”类位于路径“/Seq”中的文件“Seq.py”/顺序图““

意思是。。。您需要导入Seq（一个文件），这意味着它是一个“Module”，然后在“Module”Seq中调用类“Seq”

所以试试这个：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

如果您在Python中对导入的内容和调用的内容感到困惑，可以执行以下操作：

^{pr2}$