把分子名称转换成微笑？

Question

我只是想知道，有没有办法把IUPAC或普通分子的名字转换成微笑？我想这样做，而不必手动转换每一个利用在线系统。任何意见都将不胜感激！在

作为背景，我目前正在使用python和RDkit，所以我不确定RDkit是否能做到这一点，我只是不知道。我当前的数据是csv格式。在

谢谢你！在

Answer 1

OPSIN（https://opsin.ch.cam.ac.uk/）是name2结构转换的另一种解决方案。在

它可以通过安装cli或通过https://github.com/gorgitko/molminer来使用

（RDKit KNIME节点也使用OPSIN）

Answer 2

如果将第一行更改为：

从urllib2导入url打开

它应该适用于python2.7

Answer 3

RDKit无法将名字转换成微笑。 Chemical Identifier Resolver可以转换名称和其他标识符（如casno），并且有一个API，因此可以使用脚本进行转换。在

from urllib.request import urlopen

def CIRconvert(ids):
    try:
        url = 'http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/' + ids + '/smiles'
        ans = urlopen(url).read().decode('utf8')
        return ans
    except:
        return 'Did not work'

identifiers  = ['3-Methylheptane', 'Aspirin', 'Diethylsulfate', 'Diethyl sulfate', '50-78-2']

for ids in identifiers :
    print(ids, CIRconvert(ids))

输出

^{pr2}$