RDKit未提取氯

Question

我正在研究pdb数据库中的这个分子。 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/65106

当我使用MoltoSMILES模块时，我没有得到任何回报，或者它看起来不一致。这是我在Jupyter笔记本中使用的代码。我遇到的另一个问题很小，但我想使用Spyder。我注意到Spyder从来没有画过这个数字，所以我换成了Jupyter。不管怎样，这是代码，我将展示我找到的或生成的不同微笑格式：

#%% Modules
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem import PandasTools
IPythonConsole.ipython_useSVG=True
from rdkit.Chem import rdRGroupDecomposition
from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.warning')
import rdkit
print(rdkit.__version__)
#%% Create Chlorin Scaffold

scaffold=Chem.MolFromSmiles('C1CC2=NC1=CC3=CC=C(N3)C=C4C=CC(=N4)C=C5C=CC(=C2)N5')  
scaffold

我还尝试了在pdb数据库wikipedia中找到的其他几个微笑字符串，这些字符串是我用OpenBable生成的。这是：

C1CC2=NC1=CC3=CC=C（N3）C=C4C=CC（=N4）C=C5C=CC（=C2）N5

C（N1）（C=C2N=C（C=C\2）/C=C3N/C（C=C\3）=C\4）=CC=C1/C=C5CCC4=N/5

[nH]1/c/2=c\C3=N/c（=c\c4ccc（[nH]4）/c=c\4/c=CC（=N4）/c=c\1/cc2）/c=C3

它们都没有返回正确的图形。我不知道如何解决这个问题。是否有RDKit期望的SMILES格式的首选项？我要说的是，成键和原子是正确的，但最终的形状是唯一错误的

以下是我希望看到的图像：

谢谢,

Answer 1

让RDKit计算二维坐标并使用CoordGen库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

smiles = 'C1CC2=NC1=CC3=CC=C(N3)C=C4C=CC(=N4)C=C5C=CC(=C2)N5'

scaffold = Chem.MolFromSmiles(smiles)

rdDepictor.Compute2DCoords(scaffold)

要使用Spyder，请在执行代码后在控制台中键入scaffold