filename = open("inif.txt", "r")
for line in filename :
event = line
compounds = pcp.get_compounds(event, namespace='smiles')
match = compounds[0]
print(i,'$$$','the CID is',compounds,'$$$','The IUPAC name is',match.iupac_name,'$$$','for the SMILE',event)
i+=1```
据我所知,使用rdkit是不可能做到这一点的,我不知道有任何python模块具有这种能力。如果您可以使用web服务,那么可以使用NCI resolver
下面是从字符串检索IUPAC标识符的函数的简单实现:
你可以很容易地扩展它来转换多种不同的格式,尽管这个函数不是很快
另一个解决方案是使用PubChem。您可以将API与python包pubchempy一起使用。请记住,这可能会返回多个化合物
最近,我使用pubchempy管理了这个转换。下面是尝试的代码
相关问题 更多 >
编程相关推荐