用于rna结构预测分析的python包。
multifold的Python项目详细描述
内容和版权
该软件包用于设计基因组注释和序列文件，如bed、genepred、bam、wiggle和bigwig格式。对此包感兴趣的用户应联系yfwang0405@gmail.com以获取详细信息。这个包使用维也纳rna包lib和h目录（external/rnalib/fold）和rnastructure libs（external/rnalib/plot），用户应该读取里面的copying或readme.txt文件并相应地执行操作。所有文件均受版权保护，但授权用于个人、学术和非营利用途。商业用户应该联系yfwang0405@gmail.com。
手册 http://multifoldmanual.appspot.com
源代码 https://pypi.python.org/pypi/multifold
先决条件 一。python 2.7，python开发 2.numpy>；=1.4.1（自动安装） 三。ngslib>；=1.1.10用于NGS数据处理（自动安装） 四。Fisher精确测试（自动安装）的Fisher>；=0.1.4 四。sfold 2.2独立可执行文件（http://sfold.wadsworth.org/License_info.html）
一般安装说明
- 从python包索引安装（https://pypi.python.org） >；轻松安装–前缀=$HOME/local multifold
- 从源文件安装（包括演示示例文件） >；轻松安装–可编辑–生成目录包/multifold >；CD包源 >；python setup.py install–prefix=install路径
- sfold 2.2
- 从http://sfold.wadsworth.org/License_info.html下载独立可执行文件
- 运行配置文件
- >；CD SFOLD2.2 U主页 >；/配置
- 使用前在命令行中测试sfold:
- >；箱/箱
- 如果成功，请通过以下方式将sfold二进制文件添加到系统路径：
- 路径=$PATH:SFOLD2.2_HOME/bin/
主要模块
- 数据格式：
- FastD、FastC、FastS和efast表示多个文件夹中使用的数据。
- 输入输出：
- 每个数据格式的读取器
- 预测值： 一系列RNA二级结构预测工具的包装。 RNAfold、mfold、UNAFold、sfold等。 注意：在用multifold调用命令/程序之前，请确保该命令/程序在shell中是可调用的。
- 算法：
- em算法、boltzmann抽样、结构距离计算等
- 实用程序：
- 实用程序温度转换、结构格式转换等
- 线程安全文件：
- 用于多种处理过程。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
