Python rna_专题 - Python中文网

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关于rna 相关联的Python项目和问题：

为什么我不能在python中将DNA转换成mRNA？

代码： n = 3 DNA-Sequence = { #dictionary of DNA "Phenylalanine": ["UUU", "UUC"], "Leucine": [ ...

2024-05-08 已阅读: n次

Python类创建其他类对象

Possible Duplicate: Help with Python UnboundLocalError: local variable referenced before assig ...

2024-05-08 已阅读: n次

Python在dataframe上查找集合中具有单词对的单词

我有一套单词 {'DNA', 'pada', 'yang',...} 我试图找出集合中的单词是否在下面的bigram数据框中有单词对 bigramf fre ...

2024-05-08 已阅读: n次

用NetworkX/PyGraphviz绘制多重图：节点/边位置的微调

我想用NetworkX或多或少地复制下面的图（摘自F.Crick，Nature 227561（1970））：我可以使用MultiDiGraph复制底层图形： import networkx as ...

2024-05-08 已阅读: n次

将数据写入csv文件Python

我的数据如下所示 ['[\'Patient, A\', \'G\', \'P\', \'RNA\']'] 不考虑括号、引号和反斜杠，我想用''分隔数据，并写入如下CSV文件 ^{pr2}$ 提到de ...

2024-05-08 已阅读: n次

如何阻止脚本超出范围？

当我感到无聊并想练习python时，我想我应该写一个脚本，将一些遗传代码转换成氨基酸序列。它一次只看一个字母，当它看到一个特定的序列时，就开始将三个基因密码转换成它们的等效氨基酸，并将它们串在一起，直 ...

2024-05-08 已阅读: n次

正则表达式与列表中的元素进行迭代匹配

我有一个列表如下： mylist = [ 'Th2 2w, total RNA (linc-sh36)', 'SP CD8, total RNA (replicate 1)', ...

2024-05-08 已阅读: n次

尝试创建fi时出错

我正在创建一个程序，将一个DNA序列从一个文件翻译成RNA，然后创建一个包含RNA的文件。我犯了这个错误 f.write(mRNA_str) NameError: name 'f' is not d ...

2024-05-08 已阅读: n次

与python比较问题作斗争

我正在学习python，我们学习指南中的一个问题是评估RNA序列。我没有得到问题所建议的预期输出，我得到了17 代码如下： ####START FUNCTION def rna_length(m ...

2024-05-08 已阅读: n次

我可以在字符串上使用K-means算法吗？

我在一个python项目中研究RNA结构的进化（用字符串表示，例如：“（（（…））”，其中括号表示基对）。关键是我有一个理想的结构和一个向理想结构进化的种群。我已经实现了所有的东西，但是我想添加一个特 ...

2024-05-08 已阅读: n次

在pandas python中写入非scii字符到文件

我有这样一个清单： a = ['olivsortiment utan kärna', 'perunajauho', 'chili extrakt','Keitetty herkullisista äy ...

2024-05-08 已阅读: n次

坚持在python中分离几个循环

所以，我一直坚持分离多个循环。第一个循环运行良好。还有第二个。但不是最后两个。当我尝试键入DNA或蛋白质时，它只给出一个答案：重启？是\N 我的代码： while True: A = (input ...

2024-05-08 已阅读: n次

raisin.recipe.load

raisin.recipe.load包是用于创建raisin的数据仓库，用于发布葡萄的摘要统计，一条用于处理和分析rna序列数据的管道。在etl术语中，它将提取和转换的数据加载到数据仓库中。 ...

2024-05-08 已阅读: n次

vica

作者 Adam R.Rivers，美国农业部，农业研究处张庆鹏，美国能源部，联合基因组研究所 Susannah G.Tringe，美国能源部，联合基因组研究所简介 VICA设计用 ...

2024-05-08 已阅读: n次

scTDA

面向对象的高吞吐量单细胞rna序列数据拓扑分析python库此包Python名称：scTDA 目前版本： scTDA 0.97 最 ...

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rnaediting

这是rna编辑项目的自述文件 ...

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lonnberg_svensson2017

见{a1} ...

2024-05-08 已阅读: n次

rsq

内容和版权此软件包用于计算基因组注释和序列文件，如bed、genepred、bam、wiggle和bigwig格式。对此软件包感兴趣的用户请联系yfwang0405@gmail.com获取详细信息。这 ...

2024-05-08 已阅读: n次

circtools

简介环状rna（circrnas）起源于线性原核转录本的后剪接事件，对核酸外切酶具有抗性，通常不发生聚腺苷酸化，并且已被证明对细胞类型和发育阶段具有高度特异性。尽管很少有环状r ...

2024-05-08 已阅读: n次

baseqRNA

#droprna您将有一个可运行的命令“baseq drop”+`whitelistdir`：indrop和10x的条形码白名单文件应该放在whitelistdir下。这些文件可以从xxx下载。+`c ...

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seqcluster

序列簇在repo的gitter中提问：加入聊天，网址：。图片：https://badges.gitter.im/Join%20Chat.svg ：目标：https://gitter.im/lpan ...

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xrpi-test-12.10.16

xgboost驱动的rna蛋白相互作用预测此包Python名称：xrpi-test-12.10.16 目前版本： xrpi-test-12.10. ...

2024-05-08 已阅读: n次

Thestral

一个简单的单细胞rna序列分析管道。 ### 为Qulab USTC。 ### http://qulab.ustc.edu.cn/index.html ...

2024-05-08 已阅读: n次

rnaseqhs

rnasekhs==概述----rnasekhs可以对rna序列数据进行生物信息学分析，并从hisat2生成干净的bam/sam结果，从stringtie和featurecounts结果生成gtf结果 ...

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sprint

#冲刺 #张峰（15110700005@fudan.edu.cn） #pip install sprint #详情见http://sprint.tianlab.cn/SPRINT/ ...

2024-05-08 已阅读: n次

raisin.pyramid

raisin.pyramid包是raisin（web应用程序）的一部分用于发布葡萄的汇总统计数据，一条用于加工和分析rna序列数据。 ...

2024-05-08 已阅读: n次

scvelo

scvelo-随机单细胞rna速度 scvelo是一个可扩展的工具包，用于估计和分析单个细胞中的随机rna速度。 rna速度的概念 ...

2024-05-08 已阅读: n次

raisin.recipe.server

raisin.recipe.server包是用于创建raisin的服务器配置，用于发布葡萄，一种用于处理和分析rna序列的管道的汇总统计数据。 ...

2024-05-08 已阅读: n次

dnacol

彩色DNA/RNA碱基、蛋白质氨基酸编码和最终输出的质量分数关于这是一个python脚本，用于给终端中的dna、rna和蛋白质序列上色。如果使用dnacol调用，它将从stdin或文件中读取行 ...

2024-05-08 已阅读: n次

mamaslemonp

索引具有增强后缀数组的大生物序列（DNA，RNA），并对它们进行最大匹配查询和近似向后搜索。 ...

2024-05-08 已阅读: n次

rna-cd

rna污染检测器 rna-cd是一个python包和命令行工具，用于检测 dna序列的rna污染实验。有关我们的完整文档，请查看 readthedocs page。要求 Pytho ...

2024-05-08 已阅读: n次

dnaMD

do_x3dna生成大量数据，分析这些数据非常困难。因此，开发dnaMD来分析从do_x3dna获得的数据。它包含分析数据的工具集。 dnaMD是用python编写的，也可用作python模块。 ...

2024-05-08 已阅读: n次