小rna序列管道
seqcluster的Python项目详细描述
序列簇
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来自ngs数据的小rna分析
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引用
深度序列分析显示帕金森病运动前和运动期杏仁核中的特异性小rna特征。潘塔诺L，弗里德L_nder先生，埃斯卡拉米斯G，莉莎诺E，帕拉雷斯-阿尔巴内尔J，费雷尔I，埃斯蒂维尔X，马蒂。
生物信息学。2015年11月2日。PII:BTV632。[epub提前出版]
PMID: 一个非mirna小转录组注释和分类的无偏框架。
Pantano L1，Estivill X，Martíe.生物信息学。2011年11月15日；27（22）：3202-3。doi:10.1093/生物信息学/btr527。EPUB2011年10月5日。
PMID: 请参见http://seqcluster.readthedocs.org/installation.html 此外， 。_ BCBIO-NEXTGEN:https://bcbio-nextgen.readthedocs.org/en/latest/ 如何使用bcbio运行的示例如下：http://seqcluster.readthedocs.org/example_pipeline.html#mirqc-data 如果您想单独使用seqcluster，这里有一个完整的教程：http://seqcluster.readthedocs.org/getting_started.html#clustering-of-small-rna-sequences seqcluster创建看起来像 。_这个：https://rawgit.com/lpantano/seqcluster/master/data/examples_report/html/index.html
……_说明：https://rawgit.com/lpantano/seqcluster/master/data/examples_report/html/1/maps.html 。图片：https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/lpantano/seqcluster/trend.png
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26530722 <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26530722>21976421 <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21976421>快速入门链接
bcbio-nextgen还提供
运行小rna（mirna+trna+pirna+others）的整个管道的python框架。报告
this的html报告。这是检测到的所有群集的表，并且
可以进入它们中的每一个并获得完整的description配置文件表达式图、注释详细信息和
序列对每个样本都有意义。还提供了一个交互式报告来探索表达式配置文件，
基因组上的位置和二级结构。了解更多http://seqcluster.readthedocs.org/more_outputs.html#report。贡献者
Lorena Pantano <https://github.com/lpantano>（生物信息学核心，哈佛陈商学院，美国波士顿）Judith Flo Gaya <http://www.seas.harvard.edu/directory/jflo>（美国波士顿哈佛大学工程与应用科学学院）Eulalia Marti Puig <http://www.crg.eu/en/group-members/eul%C3%A0lia-mart%C3%AD-puig>（基因组学与疾病，基因组调控中心，西班牙巴塞罗那）Steffen Möller <https://github.com/smoe>（罗斯托克大学）
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