rna序列数据分析工具。
rnaseqhs的Python项目详细描述
rnasekhs
==
概述
----
rnasekhs可以对rna序列数据进行生物信息学分析，并从hisat2生成干净的bam/sam结果，从stringtie和featurecounts结果生成gtf结果。
rnasekhs在麻省理工学院许可证的条款下可用（参见文件“license``）”
pre-requirements
----
1。$path中的“gzip”、“fastx_trimmer”、“fastqc”、“cutadapt”、“fastq_quality_filter”、“hisat2”、“stringtie”、“samtools（v1.3.1）”、“bedtools（v2.19.1）”。
2。hisat2构建了基因组索引、转录组索引和gtf。
tar zxvf rnasekhs-<；版本>；.tar.gz
2。cd rnasechs-<；版本>；
3。python setup.py install——用户
用法
----
1。在python控制台中将其用作模块：：
>；>import rnasekhs
>；>rnasekhs.rnasekhs.main（<；arguments>；）
arguments为：：
>；>rnasekhs.rnasekhs.main（ndir，outdir，phred，qccheck，trim，lastkeep，rmadapt，ladapter，radapter
，overlap，minlen，removen，ncutoff，filtq
，minq，pminq，qcstat，mapping，hisat2index，方向
，rnastrandness，gtf，rawcover，genomebed，windowsize]）
2。将其用作bash中的命令行：
<；已安装路径>；/rnaseqhsb<；选项>；
选项有：：
用法：rnaseqs[-h][-i indir][-o outdir][-p phred][-q qccheck][-t trim]
[-l lastKeep][-r rmadapt][-l ladapter][-r radapter]
[-o overlap][-m minlen][-n removen][-c ncutoff][-f filtq]
[-minq minq][-pminq][-q qcstat m mapping]
[--hisat2index hisat2index][--方向方向]
[--rnastandness rnastandness][--gtf gtf]
[--drawcover drawcover][--genomebed genomebed]
[--windowsize windowsize]
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息并退出
-Idir印第安纳> BR/> FASQ文件路径
O-Outdir，Outdir Outdir < BR/>输出路径
-P PHRD，PHERD PHRES/BR/> PalReD评分用于平台[33 ]
-QQCCHECK，-QCCHECKQCHECKBR/>进行质量检查[正确]
-t阀内件，--阀内件阀内件，给出fastq简短读数为--lastKeep defined
-l lastKeep，--lastKeep lastKeep
带有“阀内件”选项，最后一个底座保持
-r rmadapt，--rmadapt rmadapt
移除适配器[正确]
-l l adapter，--ladapter ladapter
左转接器[agatcggaagagc]
-r雷达翼，--r adapter雷达翼
右转接器[agatcggaagagc]
-o重叠，--overlap重叠
如果读取和转接器之间的重叠小于重叠长度，则读取不会
被改进的。[6]
-m minlen，--minlen minlen
丢弃短于“minlen”
[75]
-n removen，--removen removen
删除“n”基[true]
-c n cutoff，--ncutoff ncutoff
带有“removen”选项，n截止[0.1]
-ffiltq，--filtq filtq
根据质量筛选序列[true]
--要保持的最小质量分数[20]
--pminq pminq最小碱基百分比[80]
-q qcstat，--qcstat qcstat
为序列生成qc统计图
-m映射，--映射
读取映射[真]
--hisat2 index hisat2index
hisat2 index
--方向方向
方向
--rnastrandity rnastrandity
rna链长度
--用于注释的gtf gtf gtf文件
--drawcover drawcover
基因组区域覆盖率[真]
--基因组床
覆盖基因组床文件
--窗口大小
覆盖窗口大小[500000]
==
概述
----
rnasekhs可以对rna序列数据进行生物信息学分析，并从hisat2生成干净的bam/sam结果，从stringtie和featurecounts结果生成gtf结果。
rnasekhs在麻省理工学院许可证的条款下可用（参见文件“license``）”
pre-requirements
----
1。$path中的“gzip”、“fastx_trimmer”、“fastqc”、“cutadapt”、“fastq_quality_filter”、“hisat2”、“stringtie”、“samtools（v1.3.1）”、“bedtools（v2.19.1）”。
2。hisat2构建了基因组索引、转录组索引和gtf。
tar zxvf rnasekhs-<；版本>；.tar.gz
2。cd rnasechs-<；版本>；
3。python setup.py install——用户
用法
----
1。在python控制台中将其用作模块：：
>；>import rnasekhs
>；>rnasekhs.rnasekhs.main（<；arguments>；）
arguments为：：
>；>rnasekhs.rnasekhs.main（ndir，outdir，phred，qccheck，trim，lastkeep，rmadapt，ladapter，radapter
，overlap，minlen，removen，ncutoff，filtq
，minq，pminq，qcstat，mapping，hisat2index，方向
，rnastrandness，gtf，rawcover，genomebed，windowsize]）
2。将其用作bash中的命令行：
<；已安装路径>；/rnaseqhsb<；选项>；
选项有：：
用法：rnaseqs[-h][-i indir][-o outdir][-p phred][-q qccheck][-t trim]
[-l lastKeep][-r rmadapt][-l ladapter][-r radapter]
[-o overlap][-m minlen][-n removen][-c ncutoff][-f filtq]
[-minq minq][-pminq][-q qcstat m mapping]
[--hisat2index hisat2index][--方向方向]
[--rnastandness rnastandness][--gtf gtf]
[--drawcover drawcover][--genomebed genomebed]
[--windowsize windowsize]
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息并退出
-Idir印第安纳> BR/> FASQ文件路径
O-Outdir，Outdir Outdir < BR/>输出路径
-P PHRD，PHERD PHRES/BR/> PalReD评分用于平台[33 ]
-QQCCHECK，-QCCHECKQCHECKBR/>进行质量检查[正确]
-t阀内件，--阀内件阀内件，给出fastq简短读数为--lastKeep defined
-l lastKeep，--lastKeep lastKeep
带有“阀内件”选项，最后一个底座保持
-r rmadapt，--rmadapt rmadapt
移除适配器[正确]
-l l adapter，--ladapter ladapter
左转接器[agatcggaagagc]
-r雷达翼，--r adapter雷达翼
右转接器[agatcggaagagc]
-o重叠，--overlap重叠
如果读取和转接器之间的重叠小于重叠长度，则读取不会
被改进的。[6]
-m minlen，--minlen minlen
丢弃短于“minlen”
[75]
-n removen，--removen removen
删除“n”基[true]
-c n cutoff，--ncutoff ncutoff
带有“removen”选项，n截止[0.1]
-ffiltq，--filtq filtq
根据质量筛选序列[true]
--要保持的最小质量分数[20]
--pminq pminq最小碱基百分比[80]
-q qcstat，--qcstat qcstat
为序列生成qc统计图
-m映射，--映射
读取映射[真]
--hisat2 index hisat2index
hisat2 index
--方向方向
方向
--rnastrandity rnastrandity
rna链长度
--用于注释的gtf gtf gtf文件
--drawcover drawcover
基因组区域覆盖率[真]
--基因组床
覆盖基因组床文件
--窗口大小
覆盖窗口大小[500000]
欢迎加入QQ群-->： 979659372
