用于rna结构定量分析的python包。
rsq的Python项目详细描述
内容和版权
此软件包用于计算基因组注释和序列文件，如bed、genepred、bam、wiggle和bigwig格式。对此软件包感兴趣的用户请联系yfwang0405@gmail.com获取详细信息。这个包使用维也纳rna包lib和h目录（external/rnalib/fold）和rnastructure libs（external/rnalib/plot），用户应该读取里面的copying或readme.txt文件并相应地执行操作。所有文件均受版权保护，但授权用于个人、学术和非营利用途。商业用户应联系yfwang0405@gmail.com。
manuals
http://rsqwiki.appspot.com
https://pypi.python.org/pypi/rsq
prerequisites
1。python 2.7，python开发
2.numpy>；=1.4.1（自动安装）
3.ngslib>；=1.1.10用于ngs数据处理（自动安装）
4。fisher>；=0.1.4，用于fisher精确测试（自动安装）
4。SFOLD 2.2独立可执行文件（http://sfold.wadsworth.org/license_info.html）
一般安装说明
1。从python包索引（https://pypi.python.org）安装
>；轻松安装--prefix=$home/local rsq
2。从源文件安装（包括演示示例文件）
>；轻松安装--可编辑--生成目录包源/rsq
>；CD包源
>；python setup.py install--prefix=install路径
3。sfold 2.2
从http://sfold.wadsworth.org/license_info.html下载独立可执行文件
使用前在命令行中运行configure file
>；cd sfold2.2\u home
>；/配置
测试sfold：
>；bin/sfold
如果成功，将sfold二进制文件添加到系统路径：
path=$path:sfold2.2_home/bin/
export path
major modules
-数据格式：
fastd、fastc、fasts和efast，以表示rsq中使用的数据。
-io:
readers for each data format
-predictor:
一系列rna二级结构预测的包装工具。
rnfold、mfold、unfold、sfold等。
注意：在rsq中调用命令/程序之前，确保命令/程序在shell中是可调用的。
-算法：
em算法、boltzmann采样、结构距离计算等。
-utils:
实用程序。温度转换、结构格式转换等。
-线程安全文件：
用于线程处理过程。
examples
examples在examples文件夹中。
1.处理没有亚型的基因。处理具有多种亚型的基因。优化参数和添加外部输入的高级用法。
此软件包用于计算基因组注释和序列文件，如bed、genepred、bam、wiggle和bigwig格式。对此软件包感兴趣的用户请联系yfwang0405@gmail.com获取详细信息。这个包使用维也纳rna包lib和h目录（external/rnalib/fold）和rnastructure libs（external/rnalib/plot），用户应该读取里面的copying或readme.txt文件并相应地执行操作。所有文件均受版权保护，但授权用于个人、学术和非营利用途。商业用户应联系yfwang0405@gmail.com。
manuals
http://rsqwiki.appspot.com
https://pypi.python.org/pypi/rsq
prerequisites
1。python 2.7，python开发
2.numpy>；=1.4.1（自动安装）
3.ngslib>；=1.1.10用于ngs数据处理（自动安装）
4。fisher>；=0.1.4，用于fisher精确测试（自动安装）
4。SFOLD 2.2独立可执行文件（http://sfold.wadsworth.org/license_info.html）
一般安装说明
1。从python包索引（https://pypi.python.org）安装
>；轻松安装--prefix=$home/local rsq
2。从源文件安装（包括演示示例文件）
>；轻松安装--可编辑--生成目录包源/rsq
>；CD包源
>；python setup.py install--prefix=install路径
3。sfold 2.2
从http://sfold.wadsworth.org/license_info.html下载独立可执行文件
使用前在命令行中运行configure file
>；cd sfold2.2\u home
>；/配置
测试sfold：
>；bin/sfold
如果成功，将sfold二进制文件添加到系统路径：
path=$path:sfold2.2_home/bin/
export path
major modules
-数据格式：
fastd、fastc、fasts和efast，以表示rsq中使用的数据。
-io:
readers for each data format
-predictor:
一系列rna二级结构预测的包装工具。
rnfold、mfold、unfold、sfold等。
注意：在rsq中调用命令/程序之前，确保命令/程序在shell中是可调用的。
-算法：
em算法、boltzmann采样、结构距离计算等。
-utils:
实用程序。温度转换、结构格式转换等。
-线程安全文件：
用于线程处理过程。
examples
examples在examples文件夹中。
1.处理没有亚型的基因。处理具有多种亚型的基因。优化参数和添加外部输入的高级用法。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
