处理rna序列数据集的管道
baseqRNA的Python项目详细描述
#droprna
您将有一个可运行的命令“baseq drop”
+`whitelistdir`：indrop和10x的条形码白名单文件应该放在whitelistdir下。
这些文件可以从xxx下载。
+`cellranger\u ref<；genome>；`对基因进行读对齐和标记的关键过程是从开源的CellRanger管道（https://github.com/10xGenomics/CellRanger）中得到启发和借鉴的。
基因组索引和转录组的引用可以从https://support.10xgenomics.com/single cell gene expression/software/downloads/latest。
在配置文件中，cellrange引用的目录名为“cellranger”<；genome>；`。
配置记录在名为“config_drops.ini”的文件中：
[drops]
samtools=/path/to/samtools
star=/path/to/star
whitelistdir=/path/to/whitelist_file_directory
celllanger_hg38=/path/to/reference/refdata-celllanger-grch38-1.2.0/
process steps
1。`提取单元格条码“计数每种条码的数量；这将生成条码计数。<；sample>；.csv；
2。`单元格条形码校正和筛选`校正1bp不匹配的单元格条形码，以最小读取次数筛选条形码；
3.` split the reads of valid cell barcode`根据条形码的2BP前缀，原始对端原始读取被拆分为16个单端文件进行多处理；例如，我们将得到：split。<；sample>；<；aa at ac ag…gg>；.fq
4。` star alignment`fastq文件同时运行；生成按序列头排序的bam文件；
5。` reads taging`将读取对齐位置标记到相应的基因名
6。` genrating umi table `
run command
>主配置是：
>
++`--config `：配置文件；
++` `--genome/-g `：基因组版本；
++` ` ` ` `——协议`：[10x indrop dropseq]
` `--minreadreads`：条形码的最小读数
++` ` `--name/-n`：样本名称
>>>>>>+`--fq1/-1 `：read 1:read>+`--fq2/-2`：读取2
+`--top戋u million戋u reads`：要用多少次阅读，主要用于测试读取部分（默认为1000）的管道（默认为1000）
++`--dir/-d`:output path
如果您配置了“celllanger参考hg38”，您可以运行以下：
baseqdrops run_pipe--config/config\u drops.ini-g hg38-p 10x--minreads 10000-n 10x\u test-1 10x_1.1.fq.gz-2 10x.2.fq.gz.gz-d.//
；对于旧版本10x结果
单元条形码长度为15，umi长度为5。
baseqdrops run懔u pipe--config./config懔u drops.ini-g hg38-p 10x--minreads 10000-n 10x懔u test-1 10x懔u 1.1.fq.gz-2 10x.2.fq.gz-d。/
您将有一个可运行的命令“baseq drop”
+`whitelistdir`：indrop和10x的条形码白名单文件应该放在whitelistdir下。
这些文件可以从xxx下载。
+`cellranger\u ref<；genome>；`对基因进行读对齐和标记的关键过程是从开源的CellRanger管道（https://github.com/10xGenomics/CellRanger）中得到启发和借鉴的。
基因组索引和转录组的引用可以从https://support.10xgenomics.com/single cell gene expression/software/downloads/latest。
在配置文件中，cellrange引用的目录名为“cellranger”<；genome>；`。
配置记录在名为“config_drops.ini”的文件中：
[drops]
samtools=/path/to/samtools
star=/path/to/star
whitelistdir=/path/to/whitelist_file_directory
celllanger_hg38=/path/to/reference/refdata-celllanger-grch38-1.2.0/
process steps
1。`提取单元格条码“计数每种条码的数量；这将生成条码计数。<；sample>；.csv；
2。`单元格条形码校正和筛选`校正1bp不匹配的单元格条形码，以最小读取次数筛选条形码；
3.` split the reads of valid cell barcode`根据条形码的2BP前缀，原始对端原始读取被拆分为16个单端文件进行多处理；例如，我们将得到：split。<；sample>；<；aa at ac ag…gg>；.fq
4。` star alignment`fastq文件同时运行；生成按序列头排序的bam文件；
5。` reads taging`将读取对齐位置标记到相应的基因名
6。` genrating umi table `
run command
>主配置是：
>
++`--config `：配置文件；
++` `--genome/-g `：基因组版本；
++` ` ` ` `——协议`：[10x indrop dropseq]
` `--minreadreads`：条形码的最小读数
++` ` `--name/-n`：样本名称
>>>>>>+`--fq1/-1 `：read 1:read>+`--fq2/-2`：读取2
+`--top戋u million戋u reads`：要用多少次阅读，主要用于测试读取部分（默认为1000）的管道（默认为1000）
++`--dir/-d`:output path
如果您配置了“celllanger参考hg38”，您可以运行以下：
baseqdrops run_pipe--config/config\u drops.ini-g hg38-p 10x--minreads 10000-n 10x\u test-1 10x_1.1.fq.gz-2 10x.2.fq.gz.gz-d.//
；对于旧版本10x结果
单元条形码长度为15，umi长度为5。
baseqdrops run懔u pipe--config./config懔u drops.ini-g hg38-p 10x--minreads 10000-n 10x懔u test-1 10x懔u 1.1.fq.gz-2 10x.2.fq.gz-d。/
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