ushuffle上的cython包装器-一个有用的工具，用于在保留k-let计数的同时对生物序列进行洗牌。
ushuffle的Python项目详细描述
ushuffle周围的cython包装器-一个有用的工具，用于在保留k-let计数的同时对生物序列进行洗牌
这只是从ushuffle下载的文件包 包裹在cython中，便于安装和使用。
安装
git clone https://github.com/guma44/ushuffle.git cd ushuffle python setup.py install [ --user ]
或
pip install [--user] ushuffle
用法
库公开了一个shuffling函数shuffle和一个shuffler对象 多次洗牌，例如：
fromushuffleimportshuffle,Shufflerseq="ababcdcdabdcabvababab"shuffler=Shuffler(seq,2)foriinrange(10):seqres=shuffler.shuffle()print("results:",seqres)printshuffle(seq,2)
库还公开了设置随机种子的函数，该函数名为set\u seed。 这将全局设置种子一次，随后对此函数的调用将不会 再换种子。
参考文献
如果您使用此工具，请参考原始论文和作者： 蒋明辉、安德森、吉莱斯皮和梅恩。uShuffle: a useful tool for shuffling biological sequences while preserving the k-let counts.BMC生物信息学，9:1922008。
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