Python 蛋白_专题 - Python中文网

从单蛋白和特异性残基中提取13肽序列

我有一个单蛋白的列表，其中有一个相应的感兴趣的残基（例如Q7TQ48\u48S442）。我需要检索蛋白质序列中特定位点周围的+/-6残基（在本例中，我需要的序列是diaeaSEERQQE）。你能用 ...

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如何以最佳方式在Python中存储集合数据？

我有一份数据清单，格式如下： [(id\__1_, description, id\_type), (id\__2_, description, id\_type), ... , (id\__n_, ...

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在Python中使用随机模块选项时出错

我试图基于输入数据集构建一个随机数据集。输入数据集由856471行组成，每行有一对值，用制表符分隔。随机数据集中的任何条目都不能与输入数据集中的任何条目相等，这意味着：如果第1行中的对是“Pro ...

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我能不能避免给一个下标一个真正的文件？

我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，如果我在数据集中有大约30000个前体蛋白。我有一个脚本，其中有很多子脚本，需要一个单一的蛋白质文件在perl中： my output = `somes ...

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用多个热休克蛋白消除爆炸打击

我有一个大的BLAST（outfmt 6）输出文件。我有兴趣在这个文件中找到对等同系物，但我想排除与多个热休克蛋白点击，例如 Seq1 Seq2 (alignment 1: evalue ...

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用python中的单个统一字符串替换类似字符串

目前正在从事一个数据科学项目，我在数据准备方面遇到了麻烦特别是这个：What's Cooking? 该数据集包含字符串，如“中等蛋”，“大自由放养蛋”，“茄子”，“大蛋白”，“中国鸡蛋面”和鸡蛋因 ...

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如何在python pygame中使用现成的动画（使用aseprite）？

有没有可能使用我用python，pygame中的aseprite制作的动画？这只是一个老鼠奔跑的两个图像的动画，我希望它是一个可以控制它的X和Y坐标的对象。我觉得这比用python，pygame制 ...

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如何在线自动运行多个BLAST？

我在FASTA文件中有细菌的蛋白质组。现在，我想在网上用抗原蛋白对单个蛋白质进行BLAST。然而，由于蛋白质组的大尺寸，单独运行BLAST很麻烦。我可以做些什么来自动化这个过程？我对Python有一些 ...

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使用正则表达式查找特定单词后面的缩写

我的目标是识别出现在@PROG$后面的缩写词，并将其更改为@PROG$。（如阿里->；@PROG$）输入 s=“背景（未指定）：我们之前的研究表明@PROG$（ALI）和C反应蛋白（CRP）是 ...

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在excel中（使用Python或excel）：搜索单元格（字符串）的内容是否包含在其他单元格中（子字符串）

我在excel中有一列产品名称（大约40000个单元格，包含字符串）。对于每个单元格（A1），我想知道： -如果在列（A1到A40000）的一个或多个其他单元格中发现此单元格的内容（A1中的字符串：蛋 ...

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简单列表的Tesseract训练技术

所以我在训练自适应分类器（Tesseract中的默认引擎）。但我在这方面有点麻烦，因为文档非常零散和/或丢失。在我在训练一个非常小的数据集，我以为我刚开始使用arial black，直到我收集到更 ...

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如何从多个蛋白质序列中提取多态位置？

我有几个fasta蛋白比对（~5000），我想确定多态位置加上氨基酸残基在序列之间的变化。我自己也试过写一段代码，但很难（我是编程新手），我也看过BioPython，但还没有发现任何东西。我想要这样的 ...

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Unimod

大卫有用的unimod包装器 ============================= 这是一个简单的python模块，用于将unimod xml文件包装在 python程序的可访问表单。包含 ...

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privileged-residues

特权残基特权残基包含将残基放置在可添加到rif的目标蛋白质表面上的方法。免费软件：apache软件许可证2.0 文档：https://privileged-residues.readt ...

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xrpi-test-12.10.16

xgboost驱动的rna蛋白相互作用预测此包Python名称：xrpi-test-12.10.16 目前版本： xrpi-test-12.10. ...

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sortseq

sortseqtools是用于分析排序序列的软件包，大规模平行报告分析、深蛋白突变分析和selex-seq 实验。有关使用和安装此软件包的帮助，请参阅我们的论文 github示例和sortseq_ ...

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jxa

jurek kedra库 Jurek Kedra的库： < >混合蛋白瑞普林蛋白均质霉素进展进度 ...

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automodel-server

{id1}$ 自动模型服务器 {id2}$ 这是怎么一回事？它是automodel软件，负责等待新automodel客户端的连接并管理其模板。 {id3}$ 启动自动模型服务器要启动autom ...

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isovar

isovar 概述 python api 命令行内部设计其他isovar命令行工具排序建议概述 isovar根据癌症rnaseq数据确定突变前后的突变蛋白亚序列。 iso ...

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rosetta_dev_tools

编辑编译测试周期没有在罗塞塔很方便。一是源代码，单位测试和试点应用程序可执行文件都保存在不同的地方，这要求您在进行更改时不断更改目录。另一个在添加新的类，还有一个是增量编译时间可以是慢点。 ...

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MetaLocGramN

欢迎来到metalocgramn ------ metalocgramn是一种预测革兰氏阴性蛋白亚细胞定位的方法。阅读更多信息：http://iimcb.geneselico.pl/metaloc ...

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xcms

计算出的扩展接触模式得分提供了查询和模板蛋白配体结构 ...

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sortseq_tools

sortseqtools是用于分析排序序列的软件包，大规模平行报告分析、深蛋白突变分析和selex-seq 实验。有关使用和安装此软件包的帮助，请参阅我们的论文 github示例和sortseq_ ...

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unfold-protein

展开蛋白质展开蛋白是一套控制速度钳制的工具分子力谱。它使用pyafm包作为低级别 AFM控制。此包包含高级实验控件逻辑。套餐 gentoo 我已经为Gentoo包装了Pyafm。你需要l ...

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worms

==蠕虫=…图片：：https://img.shields.io/pypi/v/worms.svg：目标：https://pypi.python.org/pypi/worms…图片：：https:// ...

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django-viewclass-mixins

为Django的视图类提供了一些常见的混合模式。安装运行< CIT> PIP安装Django VIEW类MIXIN < /CIT> 视图混入< /H2> α-LogiMin 确保已验证的用 ...

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cTPnet

ctpnetpy:ctp net的python包这个包是为cTP-net的R代码设计的我们也可以使用这个python包从scrna-seq数据预测表面蛋白丰度。关于训练的指示很快就会出来安装： ...

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rnaspace

该平台允许在多种集成环境中运行 NCRNA基因发现者的，使用假设ncrnas与to的比较、可视化与编辑以各种格式（fasta、gff、rnaml）导出它们。请参阅http://rnaspace ...

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pyprot

一种用来表示和修饰氨基酸序列的包装。 ...

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ContactVis

python包用于绘制简单的蛋白质残留接触图。该工具可以从python中使用，如下所示： #!/usr/bin/env python from contactvis import plot_cont ...

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automodel

结构蛋白预测服务客户此包Python名称：automodel 目前版本： automodel 0.5.9 最后维护时间：Oct 1 ...

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sshmm

rna结合蛋白（rbps）在rna转录后调控中起着重要作用。它们通过核苷酸序列和三维结构识别rna分子。sshmm是一种结合隐马尔可夫模型（hmm）和gibbs抽样的rna基序发现方法，从高通量rna ...

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Python 蛋白

关于蛋白 相关联的Python项目和问题：

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