如何在线自动运行多个BLAST？

Question

我在FASTA文件中有细菌的蛋白质组。现在，我想在网上用抗原蛋白对单个蛋白质进行BLAST。然而，由于蛋白质组的大尺寸，单独运行BLAST很麻烦。我可以做些什么来自动化这个过程？我对Python有一些了解，但我无法制作一个管道来自动化这个过程

Answer 1

我正在开发的黑云母包有一个NCBI BLAST接口：https://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.application.blast.BlastWebApp.html

你可以简单地循环你想要爆炸的所有序列。然而，NCBI的使用规则将每个用户限制为每5分钟一次BLAST作业，因此它可能会运行很长时间

据我所知，你只有一个蛋白质参考序列（抗原），对吗？在这种情况下，在计算机上本地为每个查询运行Smith-Waterman对齐可能更容易： https://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.sequence.align.align_optimal.html