预测蛋白残留接触的接触图绘制。
ContactVis的Python项目详细描述
python包用于绘制简单的蛋白质残留接触图。该工具可以从python中使用，如下所示：
#!/usr/bin/env python from contactvis import plot_contact_map plot_contact_map.plot_map(fasta_filename, contact_filename, factor, c2_filename='', psipred_horiz_fname='', psipred_vert_fname='', pdb_filename='', is_heavy=False, chain='', sep=',', outfilename='')
或从命令行：
plot_contact_map.py [-h] [-o OUTFILE] [-f FACTOR] [--c2 C2] [--psipred_horiz PSIPRED_HORIZ] [--psipred_vert PSIPRED_VERT] [--pdb PDB] [--heavy] [--chain CHAIN] fasta_file contact_file
要复制test文件夹中的不同示例，请运行以下命令：
根据接触概率着色给定接触文件的简单映射：
python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_simple.pdf
与原生pdb结构（成对cb原子距离）接触的比较 8_截止）：
python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_pdb.pdf --pdb native_structure.pdb
将两个不同的预测接触图相互比较并与本地pdb进行比较 结构并包括沿对角线的二级结构信息（红色：螺旋线，蓝色：工作表）：
python ../plot_contact_map.py sequence.fasta predicted.contacts -o cm_compare_pdb.pdf --pdb native_structure.pdb --c2 predicted.contacts2 --psipred_horiz psipred.horiz
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