我能不能避免给一个下标一个真正的文件？

Question

我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，如果我在数据集中有大约30000个前体蛋白。 我有一个脚本，其中有很多子脚本，需要一个单一的蛋白质文件

在perl中：

my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`

我想问，有没有办法避免将数据集拆分成30000个文件，每个文件包含一个蛋白质？也许在Python中有没有一种方法可以给Popen一个stringIO、一个文件处理程序或者别的什么？你知道吗

谢谢，Gábor

Answer 1

可以使用Bash的process substitution自动创建所需的临时文件。你知道吗

while(<DATASET>) {
   my $output = system("/bin/bash", "-c", "somescript -do_something -with_this_single_protein_file <(echo \"$_\")");
}