pyopa-最优成对序列比对
pyopa的Python项目详细描述
这个python包提供了一个快速的计算实现
- optimal pairwise alignments of molecular sequences
- ML distance estimates of pairwise alignments.
该实现使用farrar的算法<；http://bioinformiscs.oxfordjournals.org/content/23/2/156.abstract>；\u 利用SSE矢量化运算计算最优成对对准。 这个包实现了smith-waterman和neederman-wunsch算法 计算局部和全局序列比对。
示例
importpyopalog_pam1_env=pyopa.read_env_json(os.path.join(pyopa.matrix_dir(),'logPAM1.json'))s1=pyopa.Sequence('GCANLVSRLENNSRLLNRDLIAVKINADVYKDPNAGALRL')s2=pyopa.Sequence('GCANPSTLETNSQLVNRELIAVKINPRVYKGPNLGAFRL')# super fast check whether the alignment reaches a given min-scoremin_score=100pam250_env=pyopa.generate_env(log_pam1_env,250,min_score)pyopa.align_short(s1,s2,pam250_env)
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