pyfaidx:对fasta子序列的高效pythonic随机访问
pyfaidx的Python项目详细描述
说明
samtools提供了一个函数"faidx"(fasta index),它创建一个 小型平面索引文件".fai",允许快速随机访问任何 在索引的fasta文件中执行子序列,同时加载 归档到内存中。这个python模块实现纯python类 使用samtools对fasta文件进行索引、检索和就地修改 兼容索引。pyfaidx模块与pygr模块兼容。 命令行脚本"faidx"安装在pyfaidx模块旁边,并且 方便在没有任何编程知识的情况下对fasta文件进行复杂操作。
如果您在出版物中使用pyfaidx,请引用:
雪莉MD , MA Z , Pedersen B , 惠兰S 。 使用pyfaidx高效地"pythonic"访问fasta文件 。peerj预印本3:e1196。2015、