拓扑关联域的染色质相互作用模式库
TADLib的Python项目详细描述
注意
自0.4.0版以来，默认数据格式已更改为cool， 符合4DN标准。
简介
染色体构象捕获（3c）衍生技术，特别是hi-c，具有 揭示了拓扑关联域（TAD）是 染色质组织与三维生物学功能（3d） 空间。tad也由较小的结构单元分层组织，这些结构单元 与生物功能有关。系统地调查这种关系 在结构和功能之间，发展定量方法对于 识别并测量TAD的组织。tadlib就是这样一个需要探索的库 从hi-c染色质相互作用看tad内部的染色质相互作用模式。
目前，tadlib由两种方法组成：
- 聚合首选项（ap）
- ap是一个定量参数，用于测量 tad内的染色质相互作用。受观察的启发 tads间染色质相互作用模式的巨大差异 可以使用名为聚合首选项（ap）的参数来捕获这些 显著染色质相互作用的聚集程度。应用于人类 和小鼠细胞类型（包括传统HI-C和原位HI-C数据集） 表明TADS与结构之间存在异质结构 跨细胞类型的重排与转录 改造。[1]
- 分层tad（hitad）
- hitad是一种检测分层tad的方法，包括tad、子tad和 更小的领域。除了局部绝缘外，HITAD进一步限制TADS作为 全局分离染色体内相互作用的最佳域。低于 目标函数来源于染色质相互作用，hitad采用迭代 检测分层tad的优化过程。Hitad在领域表现出色 敏感性、重复性和细胞间类型保存。应用程序 人类和小鼠细胞类型（包括传统的hi-c和原位hi-c数据 集合）揭示了分层TAD存在共同的变化类型，它们是 参与形成高阶间隔、复制时间和转录 监管。[2]
链接
引文
| [1] | Wang XT, Dong PF, Zhang HY, Peng C. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, doi: 10.1093/nar/gkv684 |
| [2] | Wang XT, Cui W, Peng C. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, doi: 10.1093/nar/gkx735 |
欢迎加入QQ群-->： 979659372
