一个简单的工具，它获取一个动物ID列表，为给定的ID及其所有祖先的ID提取一个谱系文件，用排序后的ID构建一个新的谱系文件，并将输出转储到一个新文件。
pedRefiner的Python项目详细描述
pedRefiner的建议用法：pipeline（）方法。
param 1 lst_fn：包含要从系谱中重绘的动物列表的文件，每行一行
参数2 ped fn：输入谱系文件，3列
参数3选项：输出谱系文件，3列
4个GNYMAX：（0）LSTYFN
中每个人的最大递归生成到GRIP参数5中缺少u:（'.'）输入文件缺少值，默认值为'.'.'.
参数6缺少输出：（'.'）输出文件缺少值，默认值为'.'.'.
参数7 sep_in:（'，'）输入文件的分隔符，默认值为'，'即csv
param 8 sep_out:（'，'）输出文件的分隔符，默认值为'，'，即csv
param 9 xref fn：（none）修改输出谱系的交叉引用文件
param 10 flag_r:（false）bool，如果为true，则输出子体id
| Example: |
|---|
Python
from pedRefiner import PedRefiner
pr = PedRefiner()
# pr.help()
pr.pipeline(‘animal_list’, ‘ped.input.csv’, ‘ped.output.csv’, gen_max=3)
猛击
# 1 2 3 4gen_max 5missin 6missout 7sepin 8sepout 9 10
pedRefiner.py ANM_LST PED_INPUT.csv PED_OUTPUT.csv [3 0 0 , , xref True]
| Description: |
|---|
提取anmlist文件中所有动物祖先的血统；
如果指定了'-r'选项，则从anmlist文件中打印出所有子代的ID，而不是打印出经过优化的血统；
如果指定了以空格分隔的3列外部参照文件，则使用第1列作为命令，外部参照系谱信息：
# line starting with sharp will be ignored
# cmd = A : [A]ll ID1 (col1, 2 and 3) will be changed to ID2
A ID1 ID2
# cmd = S : All ID1 in the [S]ire (2nd) column will be changed to ID2
S ID1 ID2
# cmd = D : All ID1 in the [D]am (3rd) column will be changed to ID2
D ID1 ID2
如果检测到同一动物的多个条目，则强制接受最新版本；
| Updates: |
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- 版本2017-02-23在指定rec_gen_max时防止复杂系谱出现意外顺序
- 版本2017-02-22 -修改为非递归版本，以防止非常长的谱系出现分割错误 -仅维护python版本
- 版本2016-03-31添加了-r选项：将从anmlist中递归打印出所有子代的id，一直打印到最后
- 版本2015-07-13增加了输出：pedout.id2根据PED发送，未知为“m”
- 版本2015-07-02添加外部参照以更正动物标识：将第1列替换为第2列
- 版本2015-06-29防止由于系谱循环导致的分割错误11
- 版本2015-06-12添加了更新预加载的空条目
- 版本2015-04-15添加了第三个参数以确定递归生成
- 版本2014-11-10修改了check（），以便在一次运行中检查所有错误added sort（）
- 版本2014-04-15初始版本
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