如何从数据库中使用python创建族谱?我想创建一个反向的家谱(谱系),从孩子开始,显示直到第一对夫妇的整个序列。 我的数据库有1000个条目,并有一个模式和如下示例: 0 id | 17444 5 Sire | 100 6 ...2024-04-26 已阅读: n次
搜索某列中的字符串并使用sam中第1列中的字符串我想写一个谱系分析的脚本。你知道吗 谱系档案 我有三个以制表符分隔的列(IndividualID、FatherID、motherID),如下(+-200行): AstorSjefVN | Sjef ...2024-04-26 已阅读: n次
如何从fasta文件中删除重复项,但每个组基于头至少保留一个我有一个multifasta文件,它看起来像这样: (所有序列均大于100bp,多行,长度相同) >Lineage1_samplenameA CGCTTCAACGGAATGGATCTACGTTA ...2024-04-26 已阅读: n次
谱系图数据库 有人能给我指出一个谱系图数据库的有效用途吗?我想学习neo4j,我使用python,所以我想为自己制作一个谱系图数据库来学习graph db。我搜索了一些可以模仿和学习的例子(任何图形数据库,任何语 ...2024-04-26 已阅读: n次
keggmkeggm-我用来分析微生物基因组的一小套工具 这是一个目前非常简单的包。只有两个功能完全可用。 Enrichm寻找代谢块,与某些背景相比,它们在你的基因组中富集。 这是一个很好的尝试,得到一个关于你 ...2024-04-26 已阅读: n次
mapGLMAPGL H2>基于系统进化最大简约性的基因组序列元件的遗传增益和丢失预测 将基因组区域标记为直系,在查询物种中获得,或在 目标物种,基于最近 共同祖先(mrca)。链接的路线文件用于映射 查询目标 ...2024-04-26 已阅读: n次
cassiopeia-lineage这是一个软件套件,用于处理来自单细胞血统跟踪实验的数据。这套套房配有三个主要模块: 目标站点排序管道:从沿袭跟踪实验生成的原始fastq中提取沿袭信息的管道。 系统发育重建:构建系统发育的工具集合。 ...2024-04-26 已阅读: n次
pedRefinerpedRefiner的建议用法:pipeline()方法。 param 1 lst_fn:包含要从系谱中重绘的动物列表的文件,每行一行 参数2 ped fn:输入谱系文件,3列 参数3选项:输出谱系文 ...2024-04-26 已阅读: n次
collective.lineage 简介 谱系是一个倍体的延伸。 它允许plone站点的子文件夹对日常用户显示为自治plone站点。 这种中心和分支结构允许站点管理员在一个plone中轻松管理多个看似独立的子实 ...2024-04-26 已阅读: n次
lineagesimNoah Ribeck,Joseph S.Mulka,Luis Zaman,Brian D.Connelly和Richard E.Lenski在“无性种群中不断进化的血统之间的竞争”中描述和使用的模拟 ...2024-04-26 已阅读: n次
ECLAIR 如何生成eclair图和树 eclair代表用于血统分析、推断的集成聚类 以及稳健性。它按如下方式进行: 在亲和力传播、分层或k-means聚类中进行选择 和 ...2024-04-26 已阅读: n次