用cas9激活的谱系记录器重建单细胞谱系
cassiopeia-lineage的Python项目详细描述
这是一个软件套件，用于处理来自单细胞血统跟踪实验的数据。这套套房配有三个主要模块：
- 目标站点排序管道：从沿袭跟踪实验生成的原始fastq中提取沿袭信息的管道。
- 系统发育重建：构建系统发育的工具集合。我们支持目前的5种算法：基于多状态兼容性的贪婪算法、精确Steiner Tree solver、卡西奥佩娅（这两种组合）、邻居连接和CAMIN SOKAL最大简约。
- benchmarking：用于基准测试的一组工具；模拟框架和树比较工具。
您可以在[此处]找到所有文档（https://cassiopeia-lineage.readthedocs.io/en/latest/readme.html）
您还可以在此存储库中找到示例笔记本：
- [处理fastqs]（https://github.com/YosefLab/Cassiopeia/blob/master/notebooks/process_fastq.ipynb）
- [重建树]（https://github.com/YosefLab/Cassiopeia/blob/master/notebooks/reconstruct_lineages.ipynb）
- [模拟树木和压力测试]（https://github.com/YosefLab/Cassiopeia/blob/master/notebooks/simulate_and_stress_test.ipynb）
自由软件：麻省理工学院许可证
安装
- 按原样克隆包：git clone https://github.com/YosefLab/Cassiopeia.git
- 确保安装了python3.6。你可以通过pip安装这个。
- 确保已安装Gurobi。您可以按照[此处]列出的说明操作（http://www.gurobi.com/academia/for-universities）。要验证它是否正常工作，请使用以下测试：
- 从终端窗口运行命令gurobi.sh。
- 从gurobi安装目录（其中有一个setup.py文件）中，使用python setup.py install --user
- 请确保Emboss已正确配置和安装；在尝试与我们提供的align\u sequences函数对齐时，用户经常会看到“command not found”错误。这很可能是因为您没有正确地将二进制文件添加到path变量中。有关如何下载、配置和安装Emboss包的详细信息，请参阅本[教程]（http://emboss.open-bio.org/html/adm/ch01s01.html）。
- 您可以通过python3.6 -m pip install --usercassiopeia-lineage从pip安装包。Cassiopeia的一个依赖项Pysam要求安装htslib。你可以在这里读到pysam的需求（https://pysam.readthedocs.io/en/latest/installation.html#requirements）。否则，如果要从源代码安装包（即从github克隆后），请使用以下命令：
- python3.6 setup.py build
- python3.6 setup.py build_ext --inplace
- python3.6 setup.py bdist_wheel
- python3.6 -m pip install . --user
要验证安装是否正确，请尝试在python会话中使用该包：import cassiopeia。然后，要确保命令行工具正常工作，请尝试reconstruct-lineage-h，并确认获得了使用详细信息。
命令行工具
除了允许用户在python会话中使用cassiopeia之外，我们还为常见的管道过程提供了五个独特的命令行工具：
- 重建沿袭：从提供的字符矩阵重建沿袭（由单元格x字符组成，其中每个元素是该单元格中该字符的观察状态）。
- 后处理树：重建后处理树，将样本标识分配回树的叶，并移除与字符矩阵中的样本不对应的任何叶。
- 压力测试：在给定的模拟树上进行压力测试。在从“true”模拟树的唯一叶子推断树之后，写出一个新的树文件。
- 调用沿袭：从分子表执行沿袭组调用。
- 过滤分子表：执行分子表过滤。
使用-h标志可以找到所有使用详细信息。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
