opentrons api是一个简单的框架,旨在使编写自动化生物实验室协议变得容易。
opentrons的Python项目详细描述
opentrons api是一个简单的框架,旨在使为opentrons ot-2编写自动化生物实验室协议变得容易。
此软件包可用于模拟计算机上的协议,而无需连接到机器人。有关如何编写和模拟第一个协议的详细说明,请参阅我们的Full API Documentation。
此软件包现在仅用于Opentrons OT-2。有关运行opentrons OT-1所需的软件,请参见versions。
模拟协议
要使用此包模拟协议,可以使用控制台脚本opentrons_simulate,此脚本在从pip安装此包时安装。有关如何运行脚本的详细信息,请运行opentrons_simulate --help。不过,一般来说,模拟协议就像在windows上运行opentrons_simulate.exe C:\path\to\protocol或在osx或linux上运行opentrons_simulate /path/to/protocol一样简单。
还可以使用python -m opentrons.simulate /path/to/protocol通过python调用模拟脚本。
这还提供了一个entrypoint来使用来自其他python上下文(例如交互式提示或jupyter)的opentrons仿真包。要在python中模拟协议,请打开包含协议的文件并将其传递给opentrons.simulate.simulate:
importopentrons.simulateprotocol_file=open('/path/to/protocol.py')opentrons.simulate.simulate(protocol_file)
如果协议有问题,函数将运行并返回或引发异常。
配置
该模块有很多配置,其中一些配置仅在实际机器人上运行时才相关,但其中一些配置在仿真过程中可能有用。首次导入模块时,它将尝试在~/.opentrons/config.json(在Windows上为C:\Users\%USERNAME%\.opentrons\config.json)中写入配置文件。它主要包含指向其他配置文件和目录的路径,其中大部分将位于该文件夹中。可以通过将环境变量OT_API_CONFIG_DIR设置为其他路径来更改位置。配置文件中的个别设置可以通过设置名为OT_API_${UPPERCASED_VAR_NAME}的环境变量来覆盖(例如,要覆盖serial_log_fileconfig元素,可以将环境变量OT_API_SERIAL_LOG_FILE设置为其他路径)。
有关版本的说明
这个api用于在不连接机器人的情况下本地模拟ot 2的协议。它不再控制OT 1。
Version 2.5.2是ot 1的这个api的最终版本。如果要下载此API以使用OT 1,应使用
pip install opentrons==2.5.2
对于介于2.5.2和3.7.0之间的api,没有可用的pypi包。应通过克隆此repo并按照the Development Setup section of CONTRIBUTING.md和the API readme中的说明安装这些api。