基于台式机的模式生物基因组突变识别工具
MiModD的Python项目详细描述
MiModD是一个集成的解决方案,用于对 实验室模式生物全基因组测序(wgs)数据。 它使遗传学家能够识别和注释现有的基因突变 在一个有机体中进行连锁分析以确定 突变表型。
MiModD旨在使生物学家/遗传学家 利用生物信息学知识分析全基因组测序数据 受过训练的生物信息学家的帮助。
要求
mimodd可以在linux和macos(10.9-10.13)下使用最少的软件安装 要求和简单的安装程序。作为一个独立的包,它可以 从命令行使用,但也可以无缝、轻松地集成 在银河生物信息服务器的任何本地安装中提供 图形用户界面、结果数据库管理和简单组合 分析步骤进入工作流。
硬件
在许多用例中,mimodd在标准台式机上运行良好,并且 笔记本。有关硬件要求和建议的详细信息如下 在http://mimodd.readthedocs.io/en/latest/hardware.html提供。
软件
MiModD需要Python 3.3或更高版本不支持Python2。
获取和安装mimod
mimodd是pip可通过以下途径安装:
python3 -m pip install MiModD
成功安装后,运行:
python3 -m MiModD.config
基本配置
有关mimod、依赖项和 建议的其他软件可以在中包含的安装文件中找到 源分布或 http://mimodd.readthedocs.io/en/latest/INSTALL.html。
文档和帮助
我们已经准备了一个详细的online documentation包,其中包括 初学者。如果你在mimodd的任何部分遇到问题或者你认为你 在软件中发现一个错误,让我们和其他人知道的首选方法是 通过发布到MiModD用户组 https://groups.google.com/forum/#!forum/mimodd或通过电子邮件发送到 mimodd@googlegroups.com。