查找16s读取和已装配contigs之间的链接。
linkm的Python项目详细描述
#linkm
<；b>；[此项目正在积极开发中，目前不建议公共使用。]<；b>；
linkm是[bamm]的包装器（http://minillim.github.io/bamm/），用于将16s读取与已组装的contig关联起来。重点放在将16s片段和结合到假定种群基因组中的contigs连接起来。它的工作原理如下：
*从16s序列派生的一个或两个读操作的所有对都被标识为
*这些<；i>；16s对<；/i>；映射到已装配的contigs
*其中16s对映射到已装配的contigs
*可选地，一组群体基因组（即，bins）可用于鉴定与特定基因组相关的16s对，由于16s序列常常无法组装，因此产生了linkm。因此，无论是没有16s序列，还是只有部分16s序列，获得群体基因组是很常见的。与群体基因组相关联的16S对可用于执行仅为这些对的I & Gt；de NoVo.lt；/I＆GT；或用作短片段，并吝啬地放置在现有的16S树中。我们还观察到，在许多情况下，16s对将群体基因组中的一个contig连接到一个部分组装的16s片段，该片段太短，无法正确组合。
sudo pip install linkm
*[bamm]（http://minillinim.github.io/bamm/）
*[bwa]（http://bio bwa.sourceforge.net/）
*[hmmer]（http://hmmer.janelia.org/）
请引用此Git存储库（https://github.com/dparks1134/linkm）
\有关详细信息，请参见许可证。
<；b>；[此项目正在积极开发中，目前不建议公共使用。]<；b>；
linkm是[bamm]的包装器（http://minillim.github.io/bamm/），用于将16s读取与已组装的contig关联起来。重点放在将16s片段和结合到假定种群基因组中的contigs连接起来。它的工作原理如下：
*从16s序列派生的一个或两个读操作的所有对都被标识为
*这些<；i>；16s对<；/i>；映射到已装配的contigs
*其中16s对映射到已装配的contigs
*可选地，一组群体基因组（即，bins）可用于鉴定与特定基因组相关的16s对，由于16s序列常常无法组装，因此产生了linkm。因此，无论是没有16s序列，还是只有部分16s序列，获得群体基因组是很常见的。与群体基因组相关联的16S对可用于执行仅为这些对的I & Gt；de NoVo.lt；/I＆GT；或用作短片段，并吝啬地放置在现有的16S树中。我们还观察到，在许多情况下，16s对将群体基因组中的一个contig连接到一个部分组装的16s片段，该片段太短，无法正确组合。
sudo pip install linkm
*[bamm]（http://minillinim.github.io/bamm/）
*[bwa]（http://bio bwa.sourceforge.net/）
*[hmmer]（http://hmmer.janelia.org/）
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\有关详细信息，请参见许可证。
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