BOLDigger作为命令行工具
boldigger-cline的Python项目详细描述
BOLDigger命令行
BOLDigger是一个命令行工具，便于在生物信息管道中实现。在
在使用之前，请检查您是否已更新到BOLDigger的最新版本，因为BOLDigger cline严重依赖于BOLDigger的当前代码。在
有关BOLDigger提供的不同功能的详细说明，请访问： https://github.com/DominikBuchner/BOLDigger
安装
BOLDigger命令行需要Python 3.6或更高版本，可以通过在任何命令行中使用pip轻松安装：
pip install boldigger-cline
将安装BOLDigger命令行以及所有需要的依赖项。在
要更新BOLDigger命令行类型：
pip install --upgrade boldigger-cline
如何引证
Buchner D，Leese F（2020）BOLDigger–一个用生命条形码数据系统识别和组织序列的Python包。代谢编码和宏基因组学4:e53535。https://doi.org/10.3897/mbmg.4.53535
使用
BOLDigger命令行提供BOLDigger作为命令行工具的所有功能。在
有关如何使用类型的文档：
boldigger-cline -h
退货：
usage: boldigger-cline [-h] [--version]
{ie_coi,ie_its,ie_rbcl,add_metadata,first_hit,jamp_hit,digger_hit}
...
BOLDigger as a command line tool, https://github.com/DominikBuchner/BOLDigger-
commandline
positional arguments:
{ie_coi,ie_its,ie_rbcl,add_metadata,first_hit,jamp_hit,digger_hit}
ie_coi COI identification engine
ie_its ITS identification engine
ie_rbcl rbcl identification engine
add_metadata additional data download
first_hit use the first hit as top hit
jamp_hit determine the top hit with the JAMP method
digger_hit determine the top hit with the BOLDigger method
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version show program's version number and exit
帮助功能也适用于BOLDigger命令行的所有子功能：
boldigger-cline ie_coi -h
退货：
^{pr2}$识别引擎-示例用法
要运行COI类型的标识引擎：
boldigger-cline ie_coi username password fasta_path output_folder [batch size](optional)
下载并点击eh3附加数据>
BOLDigger命令行的所有其他函数只需要BOLDResult文件的文件路径作为参数。在
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