arachnid 0.1.7

蛛形纲动物

arachnid是一个主要用python编写的开源软件包，它处理 用低温电子显微镜（cryo-em）拍摄的大分子图像。蛛形纲动物 专注于自动化单粒子重建工作流程 共两个子包：

1. 蛛形素

   一个专注于单个粒子每一步的scipy工具包（scikit） 方向分配和分类的重建工作流程。这个 工具包还包括一组应用程序脚本和一个工作流管理器。

2. pyspider

   此子包用作spider包的接口。它包括 一个spider命令库和一组要运行的应用程序脚本 单粒子重建的每个步骤的一组过程，包括 定向作业，但不分类。

蛛形纲素数目前专注于自动预处理图像 CRYO-EM捕获的数据。例如，蛛形纲动物具有以下突出显示的应用 处理粒子拾取问题：

• Autopicker:自动参考自由粒子选择
• vicer：自动无监督粒子验证

本软件由Frank Lab开发，并根据 GPL 2.0或更高版本。

有关详细信息，请参见http://www.arachnid.us。

或者，可以使用 python setup.py build_sphinx，它假定您具有先决条件 python库。这些文档可以在build/sphinx/html/中找到。

如何引用

引用的主要引用是：

Langlois, R. E., Ho D. N., Frank, J., 2014. Arachnid: Automated Image-processing for Electron Microscopy. In Preparation.

更多信息和可下载的引文，请参见CITE。

重要链接

• 官方源代码回购：https://github.com/ezralanglois/arachnid
• HTML文档（稳定版本）：http://www.arachnid.us/
• 下载版本：https://binstar.org/
• 问题跟踪器：https://github.com/ezralanglois/arachnid/issues
• 邮件列表：http://groups.google.com/group/arachnid-general
• 引用：http://www.arachnid.us/CITE.html

依赖关系

构建软件所需的依赖项是python>；=2.6， 设置工具，numpy>；=1.3，scipy>；=0.7，matplotlib>；=1.1.0，mpi4py>；=1.2.2， scikit学习，scikit映像，psutil，sqlalchemy，mysql python，pil，basemap， FFTW3或MKL，以及C/C++和FORTRAN编译器。

还建议您使用优化的blas安装numpy和scipy 库，如mkl、acml、atlas或gotoblas。

要生成文档，需要sphinx>；=1.0.4。

所有这些依赖项都可以在单个空闲二进制文件中找到 包裹：Anaconda。

安装

首选的安装方法是使用水蟒：

# If you do not have Anaconda then run the following (assumes bash shell)

wget http://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda-3.0.0-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda-3.0.0-Linux-x86_64.sh -b -p $PWD/anaconda
export PATH=$PWD/anaconda/bin:$PATH

# If you have anaconda or just installed it, then run

conda install -c https://conda.binstar.org/ezralanglois arachnid

备选方案：

# Install from downloaded source

$ python setup.py install –prefix=$HOME

# Using Setup tools

$ easy_install arachnid

# Using PIP

$ pip install arachnid

# Using Anaconda

$ conda install -c https://conda.binstar.org/ezralanglois arachnid

开发

您可以使用命令查看最新的源代码：

git clone https://github.com/ezralanglois/arachnid/arachnid.git