将特定行从CSV文件迭代复制到新fi我有一个大的以制表符分隔的csv文件,格式如下: #mirbase_acc mirna_name gene_id gene_symbol transcript_id ext_transcr ...2024-05-18 已阅读: n次
Python sqlalchemy:没有主键和重复值的表?我使用的是第三方使用sqlalchemy创建的现有数据库。但是,我遇到了问题,因为表没有主键,更糟糕的是,它们每行都有重复的元素,所以我不能选择现有列作为主键。表有两列:两列都有非唯一值。 我试图按照 ...2024-05-18 已阅读: n次
使用flask、Template inheritan创建从数据库返回数据的浏览器选项卡我想创建一个标题与3个浏览器选项卡(主页,关于和查询)使用一个数据库。 我的数据库是关于miRNA和其他信息的。 我的目标是我希望用户搜索miRNA,让它告诉我们有关它的信息,然后在一个表中获得结果。 ...2024-05-18 已阅读: n次
在python中按第一列(或第二列或其他列)对文件排序这似乎是一个非常基本的问题,但我对python还不太熟悉,在花了很长时间试图自己找到解决方案之后,我想是时候问问更高级的人了! 所以,我有一个文件(示例): ENSMUSG00000098737 9 ...2024-05-18 已阅读: n次
Py2.7如何解决索引超出范围的问题?我不喜欢编程,我只使用一些Python脚本,我有这个问题: 回溯(最近一次呼叫): 文件“mature\u homology.py”,第43行(粗体底部),in mirnas=第[3]行。拆分(“#” ...2024-05-18 已阅读: n次
Pandas阅读多索引fi的特定列我有一个数据文件(两个标题行,索引列,制表符分隔)如下: Hybridization REF TCGA-2V-A95S-01A-11R-A37G-13 TCGA-2V-A95S-01A-11 ...2024-05-18 已阅读: n次
如何使用python/pandas中的seaborn为基于两部分文本的图形数据绘制频率分布我有一个70k行的数据帧,&;看起来是这样的: mirna gene_id osa-miR2873a Os01g0100100 osa-miR169d Os01g0100100 os ...2024-05-18 已阅读: n次
循环Pandas目录我在一个目录中有许多csv文件,每个目录有两列 miRNA read_counts miR1 10 miR1 5 miR2 2 miR2 3 miR3 ...2024-05-18 已阅读: n次
如何在python中保存大量文件我想用python中的正则表达式修复txt文件中的一些文本错误。 txt文件的总数为487 似乎加载所有文件都成功了。但是仍然不知道如何将审查过的新文件(在调整正则表达式过程后)保存在单独的txt文件 ...2024-05-18 已阅读: n次
如何在DDD中创建流水线进程?我在使用DDD定义管道过程时遇到了一些困难。我的设想如下: 有3种有界上下文: 患者数据管理器:负责检索和管理整个患者的数据,如mrna、mirna、dna甲基化等。 注释数据管理:对基因、mirn ...2024-05-18 已阅读: n次
sqlalchemy和Python的奇怪ClassNotMappeError我正在使用sqlalchemy构建一个相当简单的模型,使用一个关联表定义的多对多关系和两个使用声明性语法关联的类。你知道吗 然而,当在代码中的其他地方生成实例时,我不断得到ClassNotMappeE ...2024-05-18 已阅读: n次
Pandas读取数据(两行标题,索引列)我有一个如下所示的数据文件(来自TCGA的miRNA seq data): A X X X Y Y Y Z Z Z B a b c a b c a b c 0 1 regular 5x9 2 ...2024-05-18 已阅读: n次
bio2bel-mirtarbase将文本挖掘的mirna目标交互序列化为bel 安装 bio2bel_mirtarbase可以通过PyPI轻松安装 在您喜爱的终端中执行以下代码: $ python3 -m pip install b ...2024-05-18 已阅读: n次
bio2bel-hmdd将人类microrna疾病数据库转换为bel 引文 李勇,邱丙,屠杰,等。hmdd v2.0:实验支持的人类microrna和疾病关联数据库。核酸研究2014;42(数据库问题):D1070-D10 ...2024-05-18 已阅读: n次
prostmicrornas(mirnas)是一类重要的小的非编码rna(~22nt),具有 在许多发展和疾病中的多重和广泛的调节作用 过程。我们创造了工具普罗斯特!探讨富含mirna的后生动物 RNA序列数据 ...2024-05-18 已阅读: n次
cirrus-ngs卷云 全基因组/全外显子组dna序列中rna-seq、mirna-seq、chip-seq和变体调用的云优化初级分析管道。 简介 大规模下一代测序数据的生物信息分析需要大量的计算资源。虽然云计算可以按 ...2024-05-18 已阅读: n次
mirtopmirtop 用标准命名mirnas e isomirs进行注释的命令行工具。 此工具采用此处约定的mirna gff3格式:https://github.com/miRTop/mirGFF3 ...2024-05-18 已阅读: n次