Python mri_专题 - Python中文网

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关于mri 相关联的Python项目和问题：

将itk（nifti文件）转换为polydata图像（.vtk）

我正在使用nifti格式（.nii）的MRI数据库，但我想将它们转换为polydata图像.vtk。我使用了许多不同的方法：像miconv、itksnap，我下载vtk、itk和itkvtkglue ...

2024-04-27 已阅读: n次

在python中裁剪卷（2D切片的堆栈）

我有一组3D数据（MRI的体积）.nii图像，形状为98×240×342（98:slices，240:W和342:H）。卷的大小各不相同。我想以一种方式对所有的卷进行中心裁剪，若宽度或高度小于256， ...

2024-04-27 已阅读: n次

将患者坐标转换为DICOM图像的体素坐标

我有一个关于将患者坐标转换为从DICOM获得的3D MRI point cloud模型的voxel coordinates的问题。我有一个从2D MRI图像获得的3D点云文件，这些点位于患者坐标系中。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

按括号中的条件进行数组索引

我正在用随机游走算法从MRI序列中分割髂骨。我从序列中最简单的切片中分割出来，然后我想使用先前的骨骼分割（侵蚀和扩张）作为内部和外部标记来迭代序列。我使用以下代码来标记标记： markers = np ...

2024-04-27 已阅读: n次

磁共振成像中断开物体的评价指标

我正在尝试评估一种算法的准确性，该算法可以在3D MRI体积（大脑）中分割区域。我一直在用骰子，Jaccard，FPR，TNR，Precision。。。等等，但我只做了像素级（即FNs=假负像素数）。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

插值/调整3D数组

我有一个3D阵列，里面有来自mri数据集的体素。模型可以沿着一个或多个方向拉伸。E、 g.体素大小（x，y，z）可以是0.5x 0.5x2 mm。现在我想重新采样的三维数组成一个数组持有1，1，1毫米 ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何将彩色映射图像反转为标量值

如何反转彩色映射图像？在我有一个二维图像在彩色地图上打印数据。我想读入图像并“反转”颜色贴图，也就是说，查找特定的RGB值，并将其转换为浮点值。在例如：使用此图像：http://matplotl ...

2024-04-27 已阅读: n次

基于模板MRI的MNE体积源估计

我想使用^{}库提供的模板MRI进行体积源估计。我所拥有的只是脑电图数据，它是用standard_1020蒙太奇进行采样的通过参考以下文件，我成功地用模板MRI绘制了源估算图： EEG forwa ...

2024-04-27 已阅读: n次

使用正则表达式匹配列表中的单词，

我对regex非常陌生，我正在尝试在一个列表中查找以单词的每个字母开头的所有单词例如，我有以下列表： [' MRI', 'fMRI ', 'PPE', 'FFE'] 我试图在文本中找到与这些匹配的 ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何将数组添加到二维数组中的每一行？

我想对两个数组进行元素相加。第一个是1D，包含在一个字典中的“cras”键下，第二个是2D。示例： OrderedDict([('head', array([ 2, 0, 20], dtype ...

2024-04-27 已阅读: n次

nibabel.filebasedimages.ImageFileError：无法计算文件类型

我在应用医疗火炬代码时遇到了这个错误，我知道我的数据是tif和gif格式的，我认为这部分是“mt”_数据集.分段pair2d“只处理“nii”格式我可以更改以使其与“nii”以外的fromat一起工作 ...

2024-04-27 已阅读: n次

我不学习

我目前正试图训练一名PyTorch CNN，根据MRI扫描对精神错乱和非精神错乱患者进行分类。然而，在训练期间，模型的丢失保持不变，并且在试图区分3个等级时，准确度保持在.333。我尝试过受访者对类似 ...

2024-04-27 已阅读: n次

pyunc

pyunc是一个python模块，用于读取unc-mri图像格式将unc格式的图像转换为nifti格式。示例 from pyunc import UNCFile unc = UNCFile.f ...

2024-04-27 已阅读: n次

oxasl-enable

启用-增强自动血流估计 enable是一种评估多pld-asl数据中图像质量的技术。 shirzadi等人，“从动脉自旋标记磁共振成像。2017年7月6日。doi:10.1002/jmri.2580 ...

2024-04-27 已阅读: n次

bidscoin

bidscoin bidscoin工作流必需的源数据结构为出价创建源数据步骤1a:运行bidsmapper 步骤1b:运行bidseditor 步骤2：运行bidscoiner ...

2024-04-27 已阅读: n次

pymrt

pymrt-python磁共振工具 ____ __ __ ____ _____ | _ \ _ _| \/ | _ \_ _| | |_) | | | | |\/| ...

2024-04-27 已阅读: n次

sh-molli

#处理molli和shmolli数据读取shmolli dicom图像的目录并处理数据以生成look locker校正的t1映射。负值将剪切为0。有两种可能的数据处理方法。快速（默认）。使用一 ...

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dip

dipy是一个用于mr扩散成像分析的python工具箱。 DIPY仅用于研究；请不要将DIPY的结果用于临床决策。网站目前的信息可以在dipy网站上找到-http://dipy.org 邮 ...

2024-04-27 已阅读: n次

quantiphyse-cest

Quantiphyse的CEST插件此插件使用 Fabber贝叶斯模型拟合工具。必须安装Quantiphyse和Quantiphyse Fabber。到从pypi安装dce插件使用： pip i ...

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deepdefacer

deepdefacer：通过深度学习自动删除面部特征。 -->； deepdefacer是一个用python编写的mri匿名工具，它位于tensorflow和keras之上，是与斯坦福大学的 ...

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keras-mri

Keras MRI keras-mri是一种用于keras的神经网络可视化工具。这仍处于测试阶段，一些网络（如RNN和3D CNN）和层类型尚不受支持。安装 pip install keras-mr ...

2024-04-27 已阅读: n次

mriqc

mriqc提供一系列图像处理工作流提取并计算一系列nr（无参考），iqms （图像质量度量）用于QAP（质量磁共振成像（磁共振）的评估方案共振成像）。这个开源的神经影像数据处理工具作为核磁共振 ...

2024-04-27 已阅读: n次

RMTfunc

将经典rmt应用于功能性mri数据的工具。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

jem

用于mri和电生理分析的python包。自由软件：公共域文档：https://inatilab.github.io/jem。功能待办事项 ...

2024-04-27 已阅读: n次

virtual-scanner

<；p align=“center”>；<；a>； <；img title=“虚拟扫描仪徽标”src=“https://github.com/imr-framework/ ...

2024-04-27 已阅读: n次

tfce-mediation

用tfce快速回归和中介分析顶点或体素mri数据 ...

2024-04-27 已阅读: n次

elftools

elftools:engelmann的libre fmri工具 elftools是一个python包，旨在帮助分析功能磁共振成像（fmri）数据集。模块 jfmri：从任意格式的文件访问mri/f ...

2024-04-27 已阅读: n次

mri-pop-vis

Python疗法 python样板包含创建python包所需的所有样板。自由软件：麻省理工学院许可证文档：https://PythonHackathon.readthedocs.io。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

retinex_for_mri

mri数据的retinex算法。此包Python名称：retinex_for_mri 目前版本： retinex_for_mri 0.2.9 ...

2024-04-27 已阅读: n次

breast_mri_qa

mri乳腺筛查qa图像采集与分析功能此包Python名称：breast_mri_qa 目前版本： breast_mri_qa 1.0.1 ...

2024-04-27 已阅读: n次

quantiphyse-dce

Quantiphyse的DCE插件此插件为DCE-MRI提供建模工具。目前提供了两个实现-一个基于tofts orton 模型和一个使用fabber-bayesian模型拟合工具支持测量和总体a ...

2024-04-27 已阅读: n次

quantiphyse-dsc

Quantiphyse的dsc插件此插件为dsc-mri提供建模工具。必须安装Quantiphyse和Quantiphyse Fabber。到从pypi安装插件使用： pip install q ...

2024-04-27 已阅读: n次