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关于gff 相关联的Python项目和问题：

使用bash脚本处理JSON

我正在写一个bash脚本来做一些事情。现在它将一些文件复制到正确的目录中并运行一些命令。我需要这个bash脚本来编辑JSON文件。实际上，此脚本将向存在于文件.JSON. 我不能仅仅附加数据，因为JS ...

2024-09-29 已阅读: n次

Python subprocess.Popen内存错误与readline

我正在编写一个python脚本，该脚本必须启动一个子进程，并给出大量输出（此输出不能在我的工作环境中编写）。所以我使用Subprocess.Popen然后subprocess.stdout.readl ...

2024-09-29 已阅读: n次

如何使用gff3文件创建基因id及其5_prime_utr编码区的字典？我不能用Biopython来完成这个任务

我的代码： GFF = raw_input("Please enter gff3 file: ") GFF = open(GFF, "r") GFF= GFF.read() new_dict = ...

2024-09-29 已阅读: n次

使用biopython操作gff文件

我有一个GFF文件，它是一个选项卡限制的9列文件。我的Gff文件如下所示： chr1 GenBank region 1 2821361 . + 1 ID=CP000253.1 ...

2024-09-29 已阅读: n次

模块未找到错误：模块已安装并在pip lis中列出

我已经安装了biopython和相关的模块，但是当我尝试将它们作为 from BCBio.GFF import GFFExaminer import pprint from BCBio import ...

2024-09-29 已阅读: n次

在不使用CSV模块的情况下，将制表符分隔的文件读入python中的词典

我必须用这篇课文sfs.gff来编一本词典，然后编一本词典，我真的不知道该怎么做这是文本这就是我到目前为止所做的，只是不确定下一步该做什么 import sys import textwrap ...

2024-09-29 已阅读: n次

如何将CSV转换为GFF3？

我想把.csv文件转换成GFF3文件。csv文件包含注释数据。我知道我应该先解析.csv文件，然后再写.gff文件，但我不知道完整的代码 ...

2024-09-29 已阅读: n次

为什么文件没有打开？（Python）

每当我试着输入“线虫”时_小.gff，程序给出“无法打开”的打印语句。不过，我想把它打开。为什么会这样？你知道吗 print("Gene length computation for C. elega ...

2024-09-29 已阅读: n次

重用Luigi中的通用任务

我很难理解如何在Luigi中创建可重用的任务，然后在具体情况下使用它们。在例如。我有两个通用任务，对文件执行某些操作，然后输出结果： class GffFilter(luigi.Task): ...

2024-09-29 已阅读: n次

使用Python提取嵌套括号中的句子

我在一个目录中有多个.txt文件。以下是我的.txt文件的一个示例： kkkkk; select xx("xE'", PUT(xx.xxxx.),"'") jdfjhf:jhfjj from ...

2024-09-29 已阅读: n次

BCBi的GFF解析器问题

我试图使用BCBio-GFF解析器解析一个GFF文件，得到以下错误。有谁能帮我解决这个问题吗？在回溯（最近一次呼叫）： File "gff_parse.py", line 6, in <mo ...

2024-09-29 已阅读: n次

使用Entrez查找NCBI核苷酸GFF格式的注释数据

我正在研究NCBI核苷酸数据库中的细菌序列。如果我有一个登入，例如NC\u 002663，并且我需要GFF中的注释，我如何使用Entrez（最好是Biopython）轻松地做到这一点如果我转到NCB ...

2024-09-29 已阅读: n次

gaet

基于基因的装配评估工具-评估单个装配或使用批注比较两个程序集。开始 pip install [--user] gaet gaet assembly.gff gaet --reference r ...

2024-09-29 已阅读: n次

pygff

安装：有多种安装选项 # Recommended: from conda-forge conda install -c conda-forge pygff # From PyPI pip ...

2024-09-29 已阅读: n次

getFamaFrenchFactors

获取famafrenchfactors 该程序从肯尼斯法语图书馆获取法语因素的名声数据，并将其作为熊猫数据框返回。安装运行以下命令进行安装： pip install getFamaFrenchFa ...

2024-09-29 已阅读: n次

gffpandas

gffpandas panda数据框中的gff注释免费软件：ISC许可证文档：https://gffpandas.readthedocs.io。关于gffpandas gffpan ...

2024-09-29 已阅读: n次

RILseq

=====rilseq======intention----这个包可以用来分析rilseq实验。它是为一个原核基因组而写的，没有剪接连接图和一些附加的特征。rilseq在melamed等人，分子细胞6 ...

2024-09-29 已阅读: n次

bioinfo_tools

#bioinfo工具0.3.1*这些解析器仍在开发中，并且在不同的解析器之间使用不一致。\fasta parser``pythonfrom bioinfo廑tools.parsers.fasta im ...

2024-09-29 已阅读: n次

feature-merge

功能合并合并gff文件中的功能安装： pip install feature-merge 或： conda install feature-merge 或： git clone https ...

2024-09-29 已阅读: n次

gff_toolkit

处理gff文件的工具此包Python名称：gff_toolkit 目前版本： gff_toolkit 0.1.12 最后维护时间： ...

2024-09-29 已阅读: n次

gff3

操作基因组特征并验证^{tt1}$文件的语法和引用序列。自由软件：NAL公共域许可证文档：https://gff3-py.readthedocs.org。功能简单数据结构：将^{tt ...

2024-09-29 已阅读: n次

ngSeqUtils

这是一个小的脚本集合，用于帮助下一代的数据分析在python中排序数据并处理wig、bigwig和gff文件。他们补充生物疗法和Pycogent中的优秀工具。目前有几个脚本和命令行解析、日志记 ...

2024-09-29 已阅读: n次

libgff

处理gtf/gff/gff3文件的库此包Python名称：libgff 目前版本： libgff 0.2.0 最后维护时间：Jun ...

2024-09-29 已阅读: n次

gffutils

在灵活的数据库框架中使用gff和gtf文件此包Python名称：gffutils 目前版本： gffutils 0.9 最后维护时 ...

2024-09-29 已阅读: n次

bcbio-gff

读写通用特征格式（gff）与biopython集成。此包Python名称：bcbio-gff 目前版本： bcbio-gff 0.6.6 ...

2024-09-29 已阅读: n次