BCBi的GFF解析器问题

Question

我试图使用BCBio-GFF解析器解析一个GFF文件，得到以下错误。有谁能帮我解决这个问题吗？在

回溯（最近一次呼叫）：

 File "gff_parse.py", line 6, in <module>
    for rec in GFF.parse(in_handle):
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 709, in parse
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 299, in parse_in_parts
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 320, in parse_simple
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 603, in _gff_process
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 634, in _lines_to_out_info
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 183, in _gff_line_map
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'New Start'

这是我的代码：

^{pr2}$

谢谢 图利卡

Answer 1

你是如何生成GFF文件的？它似乎至少包含一个无效行。第四列应该包含一个特性的起始坐标的整数；错误消息指示它包含值“New start”。在

GFF3 specification page有一些有效GFF的示例，online validator可以帮助调试类似这样的格式问题。在