Python subprocess.Popen内存错误与readline

Question

我正在编写一个python脚本，该脚本必须启动一个子进程，并给出大量输出（此输出不能在我的工作环境中编写）。所以我使用Subprocess.Popen然后subprocess.stdout.readline()

不幸的是，经过几次测试和研究，我无法解决我的记忆问题。在process.stdout.readline（）的多次迭代之后，我得到了一个列表索引超出范围的错误，但是因为我可以打印“问题”值​​我认为这是一个记忆问题

我知道subprocess.Popen()正在独立于主进程启动一个新的子进程，有没有办法给这个子进程一定量的内存减少使用的内存量

我尝试直接在shell中运行子进程，如果有帮助的话，它在大约8小时内消耗了803MB

以下是我的部分代码和返回的错误：

process = subprocess.Popen(["samtools mpileup -a -Q 0 -r " + REFERENCE + " -f " + REFERENCE + " " + BAM], stdout = subprocess.PIPE, shell=True, universal_newlines=True)

mpileup_line = process.stdout.readline().strip("\n").split("\t")

while ((int(mpileup_line[3])<COVERAGE) and (int(mpileup_line[1]) != int(gff_line[3]))):
          if (i != int(gff_line[7])-1):
                    mpileup_line = process.stdout.readline().strip("\n").split("\t")

下面是错误：

[mpileup] 1 samples in 1 input files
  Traceback (most recent call last):
    File "/work/cbirbes/axis1-assembly/errorCorrection_Pipeline/bin/Reductor.py", line 109, in <module>
      while ((int(mpileup_line[3])<COVERAGE) and (int(mpileup_line[1]) != int(gff_line[3]))):
  IndexError: list index out of range

正如我所说，在错误发生之前，我们可以同时打印int(mpileup_line[3]), COVERAGE, int(mpileup_line[1])和int(gff_line[3])