安装mpi4py时出现MPICC错误，尽管MPICC安装正确且正常

Question

我已经在Ubuntu12.04上成功地安装了MPICH，可以让简单的testc程序按预期编译和运行。在

现在我尝试使用pip安装mpi4py，只需通过pip install mpi4py。我首先执行了sudo apt-get build-dep python-mpi4py，它工作得很好。在

我使用的是virtualenv，所以这个mpi4py安装不在sudo中（也不应该）。在

下面是我在一组冗长的控制台输出之后遇到的命令和错误，这些输出看起来像是正常的编译内容（如果需要，我可以打印控制台输出的所有所有，但我认为大部分是标准编译器警告，表示没有问题）。在

(local-dev)espears@espears-w:~$ pip install mpi4py
src/ext/mpi_swig.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:

src/ext/mpi_swig.c:859:5: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]

cc1: some warnings being treated as errors

error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1

----------------------------------------
Cleaning up...
Command /home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-5o6OwN-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/espears/.virtualenvs/local-dev/include/site/python2.7 failed with error code 1 in /home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py
Traceback (most recent call last):
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/pip", line 11, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 185, in main
    return command.main(cmd_args)
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 161, in main
    text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 31: ordinal not in range(128)

但是，which mpicc给出了预期的结果：/usr/bin/mpicc，如上所述，如果我使用这个mpicc来编译简单的.c测试程序，它们工作得很好。在

我看到一些链接描述了一个用于编译MPI的标志选项fPIC，但是，我只是使用apt-get来安装MPI，并且特别希望这些工具只依赖于本机的Ubuntu包，而不是维护单独的安装说明来手动构建它们。在

如何确定mpicc在mpi4py安装过程中失败的原因？在

添加

以下来自控制台输出的命令似乎是导致问题的编译命令。在

^{pr2}$

当我自己从命令行尝试时，会出现以下错误：

(local-dev)espears@espears-w:~$ /usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o
gcc: error: src/ext/mpi_swig.c: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.

Answer 1

使用openmpi-4.0.0的ubuntu18.04也遇到了类似的问题。 通过安装旧版本的openmpi-2.1.6解决了这个问题。在

apt-get install openmpi=2.1.6

Answer 2

我只需将pip指向MPI4PY包的url，而不是包名，就可以成功地解决这个问题，而不需要更改系统中的任何内容：

pip install https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/downloads/mpi4py-1.3.1.tar.gz