从VCF和ref序列掩蔽低覆盖和无覆盖位置建立共识序列。
vcf-consensus-builder的Python项目详细描述
VCF共识构建者
从VCF和参考序列建立一致性序列，屏蔽低覆盖和无覆盖位置。在
您可以使用bcftools consensus，但在bcftools生成共识后，您需要应用低覆盖率和无覆盖位置掩蔽，这可能很棘手。在
- 免费软件：麻省理工学院许可证
- 文档：https://vcf-consensus-builder.readthedocs.io。在
特点
- 默认情况下，使用N和-在引用（默认：0X和<；5X）中屏蔽低覆盖率和无覆盖率位置
- 不需要bgzipVCF文件，也不需要像bcftools consensus那样对其进行索引。在
用法
安装
使用来自PyPI的pip安装
pip install vcf_consensus_builder
显示帮助
帮助消息：
^{pr2}$基本用法
运行测试数据，包括回购
# Clone this repo and enter it
$ git clone https://github.com/peterk87/vcf_consensus_builder.git --depth=1
$ cd vcf_consensus_builder/
# run vcf_consensus_builder on test data
$ vcf_consensus_builder -v tests/data/test.vcf \
-d tests/data/test-depths.tsv \
-r tests/data/ref.fa
# produces the following to stdout
>sample1 ref="ref ref"
NACCGTANACAATAN--
在参考序列中屏蔽no和低覆盖位置
vcf_consensus_builder首先在引用序列文件中屏蔽no和low coverage位置，然后在VCF中应用ALT变量。在
注意：vcf_consensus_builder不执行任何VCF变量筛选。假设VCF输入文件只包含您希望在一致性序列中看到的变体。请将bcftools filter与适当的筛选/排除表达式一起使用，以获得您希望在一致意见中表示的变体（有关如何筛选VCF文件的详细信息，请参见https://samtools.github.io/bcftools/howtos/filtering.html）
给出这个参考序列
>ref NGCCAAGTCTNCGACATN-
这个samtools depth输出
sample1 ref 1 4 sample1 ref 2 9 sample1 ref 3 9 sample1 ref 4 9 sample1 ref 5 9 sample1 ref 6 9 sample1 ref 7 10 sample1 ref 8 10 sample1 ref 9 10 sample1 ref 10 10 sample1 ref 11 3 sample1 ref 12 9 sample1 ref 13 9 sample1 ref 14 9 sample1 ref 15 9 sample1 ref 16 9 sample1 ref 17 5 sample1 ref 18 4 sample1 ref 19 0 sample1 ref 20 0
参考序列中的低（低于5X）和无（0X）覆盖位置将分别替换为N和-。在
屏蔽参考序列将是：
>ref NGCCAAGTCTNCGACATN-
这个屏蔽序列将用于生成一致性序列。在
学分
此包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。在
历史
- PyPI的第一个版本。在
- 项目
标签：
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