禁忌提供了一种用于比较不同分析的基因型的自动化管道。
taboo的Python项目详细描述
<；a href=“https://github.com/clinical genomics/taboo”>；
<；img width=“240px”height=“180px”src=“artwork/icon.png”/>；
<；/a>；
<；/p>；
[文档状态][已读文档img][已读文档url][！【构建状态】【travis img】【travis url】
管理临床基因组学的snp调用比较。该软件包公开了一个cli和一个简单的web界面，以可视化存储在sqlite数据库中的结果。
\install
``bash
$git clone https://github.com/clinical-genomics/taboo&；cd taboo
$pip install——可编辑。
```
现在，我将重点介绍cli的文档。
尤其重要的是“config”命令。通过指向一个配置，您将能够设置重要的默认值，这将使禁忌为您自动化许多繁琐的样板文件。这里有一个[示例配置文件]（https://github.com/clinical genomics/taboo/blob/master/tests/config/tests.yaml）。
-`--config`：加载一个禁忌配置文件（yaml）
``bash
$taboo--config/path/to/config.yaml[子命令]
```
表。
BR/> -Realth::将重置现有数据库
'Bash
$TabOUI[BR/> `
BR/>α>负载结果：'Load 'Br/>此命令允许您从排序（“.VCF”）和MAF基因分型（'xLsx'）加载结果。它在每一个分析/样本级别上工作，这意味着您可以重新启动一个上传，并且只会在第二次添加丢失的样本。
--包括在样本ID中查找的字符串：确定哪些行包含（Excel）
--力：重写现有的分析：BR/>< BR/> ` BASH < BR/> $Tabo负载。[输入_文件]
```
比较结果存储在数据库中。
如果您检测到一些意外结果，这将非常有用。
\从那里你可以上传基因分型的结果并对每个样本进行比较。你将能够看到每个样本的状态以及性别决定，以及它们是否支持相同的结论。有关详细信息，请参阅[许可证]（许可证）文件。
[readthedocs url]：https://readthedocs.org/projects/taboo/？badge=latest
[阅读文档img]：https://readthedocs.org/projects/taboo/badge/？version=latest
[travis url]：https://travis ci.org/clinical genomics/taboo
[travis img]：https://img.shields.io/travis/clinical-genomics/taboo.svg？style=扁平
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