Python 基因型_专题 - Python中文网

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关于基因型相关联的Python项目和问题：

SQLAlchemy过滤器

我试图对sqlalchemy中的查询执行一个简单的筛选操作，如下所示： q = session.query(Genotypes).filter(Genotypes.rsid.in_(inall)) ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何在单独的列表中对某些项目进行分组？

我有一个Python代码，它根据您输入的亲生父母的两个基因型为后代生成一个基因型。下面是应该运行的代码：http://freetexthost.com/tutjzff4ai 你输入两个基因型（例如“ ...

2024-05-19 已阅读: n次

pythonnumpy：对numpy2d数组中的每对列执行函数？

我尝试对numpy数组中的每对列应用一个函数（每一列都是个体的基因型）。在例如： [48]: g[0:10,0:10] array([[ 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 ...

2024-05-19 已阅读: n次

计算多列子字符串的出现频率，得到阳性结果的列名

我在pandas dataframe中有一些多个患者的测序数据，每个患者有一列带有基因型（字符串格式为x/x:xxx:xxxx)，病人的数量会有所不同。。。我需要用这些信息做两件事计算每行每个基 ...

2024-05-19 已阅读: n次

对几个python脚本的解释

我刚刚开始学习python来解析一些变量调用格式（variant calling format，VCF）。一个简短的文件格式如下（来自wiki）：我从here看到的线条是： alleles = se ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何连接具有不同索引的两个数据帧（pandas）？

我正在研究一种将序列/基因型数据从csv格式转换为genepop格式的方法。在我有两个数据帧：df1是空的，df1.index（rows=samples）的组成几乎与df2.index相同，只是我在 ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何在python中按AaB而不是AB的顺序对字符串排序

我正在尝试对字符串进行排序（为punnetsquare生成一个基因型）。我目前的实施是： unsorted_genotype = 'ABaB' sorted_genotype = sorted(li ...

2024-05-19 已阅读: n次

方法获得一组snp的所有可能的基因型组合

我现在有一组大约20个单核苷酸多态性，我想获得所有可能的基因型组合。举个例子，让我们从三个snp和它们的等位基因开始。在 SNP A1 A2 SNP1 A ...

2024-05-19 已阅读: n次

获取作为新行的pandas中两行中的值

我有一个带有基因的数据框： pName genotype feture person_1 TT feature_1 person_1 TY ...

2024-05-19 已阅读: n次

有没有一种方法可以按字母顺序对字符串排序，先用大写字母？

我正在制作一个程序，试图展示一个双杂交punnet正方形的基因型比率。我已经到了可以创建答案的地步，但我需要对它进行排序示例=回答_one=“aTAt” ...

2024-05-19 已阅读: n次

具有协方差/相关的群的多标签分类

我试图将基因型相似的动物分为4类。数据被标记，我们知道被分配给每个被测对象的基因型。我能够得到97%的测试精度使用随机森林分类器没有过/欠拟合。然而，我的问题是，基因型在现实中并不是完全不同的，它们之 ...

2024-05-19 已阅读: n次

在Python的DEAP中，如何让一个个体拥有多个基因，例如“基因型”？

TLDR: 我如何使用DEAP来进化基因型而不仅仅是基因，例如(Gene1, Gene2, ...)或{} 一个最小的例子是创建DEAP的OneMax示例的进化，使用(np.ndarray(10), ...

2024-05-19 已阅读: n次

scrimer

scrimer是一个gnu/linux管道，用于从454个转录组数据设计pcr和基因型引物。文档 http://scrimer.rtfd.org sphinx格式的文档位于doc目录中。源代 ...

2024-05-19 已阅读: n次

Pop-Con

Pop-Con：一种在现场频谱上可视化基因型分布的工具简介 pop-con是一个工具，用于从snp和indel变体的变体调用格式（vcf）文件[1]中可视化站点频谱（sfs）的基因型剖面。我们将基 ...

2024-05-19 已阅读: n次

gpmap

gpmap 用于管理基因型-表型映射数据的python api GPMAP定义了管理基因型表型（GP）数据的灵活对象。在它的核心，它将所有数据存储在pandas数据帧中，因此与 Pydata电 ...

2024-05-19 已阅读: n次

cgptoolbox

因果内聚基因型表型建模工具箱此包Python名称：cgptoolbox 目前版本： cgptoolbox 0.1.2 最后维护时间 ...

2024-05-19 已阅读: n次

plinkio

plinkio是一个python模块，用于读取和创建plink基因型文件。它以C扩展的形式编写，以便有效地解析和存储这些大文件。最新版本可通过以下方式安装： pip install plink ...

2024-05-19 已阅读: n次

gpseer

探地雷达一种在稀疏测量的基因型-表型图中推断缺失数据的固执己见的方法。基本用法最简单的用例是在包含基因型表型数据的输入文件上调用gpseer。例如： gpseer -i phenotypes. ...

2024-05-19 已阅读: n次

genotype-to-phenotype

请参阅https://github.com/Guardiome/genotype_to_phenotype了解更多信息。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

gnomic

gnomic是一种人类和计算机可读的微生物基因型和表型的表示。那gnomic python包包含一个用于gnomic语法的解析器，该语法能够在多代中解释更改。微生物遗传命名法的第一个正式指南是在 ...

2024-05-19 已阅读: n次

struct-lmm

结构lmm 结构化线性混合模型（structlmm）是一种计算效率高的方法。对与多种环境相互作用的位点进行测试和表征[1]。这是一个独立的模块，实现了structlmm的基本功能。但是，我们建 ...

2024-05-19 已阅读: n次

genotype_network

#基因型网络 wagner（2014）[http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/281/1786/20132763]在一篇论文中定义了基因型网络。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

genetest

该软件包提供了使用不同统计模型处理和分析基因型和表型数据的工具。“基因型”和“表型”子模块提供不同格式的处理基因型和表型的接口。“统计”子模块将与他们接口，使用不同的统计模型分析数据。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

pyms-plot

[！[DOI]（http://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.01125/status.svg）（https://doi.org/10.21105/joss.0 ...

2024-05-19 已阅读: n次

taboo

<；a href=“https://github.com/clinical genomics/taboo”>；<；img width=“240px”height=“180px”src ...

2024-05-19 已阅读: n次

pyfizi

功能性知情z-分数插补（fizi） fizi利用功能信息和参考链接不平衡（ld）来估算全球加权平均值汇总统计（z-得分）。本自述是一个工作草案，将很快扩大。安装键入以下命令，确保setup ...

2024-05-19 已阅读: n次

muller

一组脚本，用于将突变轨迹聚类到基因型，并根据背景对基因型进行聚类内容一组脚本，用于将突变轨迹聚类到基因型并按背景聚类基因型内容安装需求可选套餐示例用法常规工作流脚本选项 ...

2024-05-19 已阅读: n次

mendelianerror

孟德尔错误===这个包试图将概率分配给三个基因中的孟德尔错误事件。例如，给定一个基因型为“c/c”的母亲和基因型为“c/c”的父亲基因型为“c/t”的孩子将是“孟德尔错误”，在这种情况下，一个候选基因 ...

2024-05-19 已阅读: n次

vcfped

#vcfped是一个命令行实用程序，它可以快速而自信地识别多样本vcf文件中的三重态和紧密的成对关系。该算法不依赖等位基因频率或其他注释，对近亲繁殖和低质量变体具有很强的鲁棒性。##安装和基本用法：v ...

2024-05-19 已阅读: n次

vireoSN

vireo:pooled单细胞数据的供体反褶积 vireo：用表达式重建系综原点的变分推理多重化scrna序列数据中的snp。 vireo这个名字遵循cardelino（克隆反卷积）的主题，而 ...

2024-05-19 已阅读: n次

genibabel

查询基因型度量的包。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

gpvolve

gpvolve 一个python包，用于从基因型-表型图中提取进化轨迹用于基因型-表型空间进化模拟和分析的python api。您可以使用此库：从基因型-表型图建立马尔可夫状态模型。使用pc ...

2024-05-19 已阅读: n次

Python 基因型

关于基因型 相关联的Python项目和问题：

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