非理想激励脉冲下磁共振t2衰减曲线模拟(b1)
t2stimulate的Python项目详细描述
t2刺激
非理想激励脉冲下磁共振t2衰减曲线模拟(b1)
- 自由软件:GNU通用公共许可v3
- 文档:https://t2stimulate.readthedocs.io。
mri中的t2多回波衰减曲线传统上被建模为一个或多个指数的衰减指数。 组件。这假设重新聚焦脉冲翻转角度为或接近180度,如果不是,则另一个 加入梯度作为扰流器,以去除受激回波中的信号。
多年前在一篇论文(REF)中对模拟回波进行了建模,然后用仿真代码实现,并 发现足以用于拟合来自非180度反射的多回波衰减曲线 脉冲序列。
下面是一个32回波核磁共振脉冲序列的三条曲线示例,te=10ms,重聚焦脉冲 180度、160度和140度的翻转角度。代码是:
import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np from t2stimulate.simulate import stimulate # Set a couple of parameters num_echoes = 32 tau = 5 T1 = 1000 te = 2*tau*np.arange(1, num_echoes+1) curve_140 = stimulate(alpha=140 / 180 * np.pi, num_echoes=num_echoes, T1=450, T2=80, tau=tau) curve_160 = stimulate(alpha=160 / 180 * np.pi, num_echoes=num_echoes, T1=450, T2=80, tau=tau) curve_180 = stimulate(alpha=180 / 180 * np.pi, num_echoes=num_echoes, T1=450, T2=80, tau=tau) plt.figure(1) plt.clf() plt.plot(te, curve_180, 'bo-') plt.plot(te, curve_160, 'gd-') plt.plot(te, curve_140, 'rx-') plt.xlabel('TE (ms)') plt.ylabel('Signal (arb)') plt.grid('on') plt.legend(['B1=180°', 'B1=160°', 'B1=140°']) plt.axes((0.6, 0.3, 0.25, 0.3)) plt.plot(te, curve_180, 'bo-') plt.plot(te, curve_160, 'gd-') plt.plot(te, curve_140, 'rx-') plt.xlabel('TE (ms)') plt.ylabel('Signal (arb)') plt.grid('on') plt.xlim((200,250)) plt.ylim((0.03, 0.1)) plt.show()
结果图:
功能
- 待办事项
学分
这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。
历史记录
0.1.0(2019-06-25)
- pypi上的第一个版本。
- 基本模拟回波与测试编写。